Intracellular infection of ecologically important diatom species by an evolutionary distinct relative of the Fungi
Notice bibliographique
Résumé
Data and R script from the publication "Intracellular infection of ecologically important diatom species by an evolutionary distinct relative of the Fungi": -plotting_and_testing_association.r: R script for the s.tatistical testing of NCLC1-diatom associations. -OSD_protist_ASV_table.csv: Amplicon Sequence Variant (ASV) table, comma separated. Lists the distribution of 7766 ASVs across 145 samples collected during the Ocean Sampling Day (OSD) 2014. -OSD_protist_ASV_sequences.fasta: fasta nucleotide file of the 7766 V4-18S ASVs sequenced as part of OSD and classified as unicellular eukaryotes ('protists'; re-processed in the present publication via DADA2). -sparCC_analysis.tar.gz: gzip'd archive with results from co-occurrence analyses ran on the protist OSD V4-18S dataset using sparCC (OSD_protist_ASV_sparCC_cor.csv: correlation output; OSD_protist_ASV_sparCC_100perm_pvals_twosided.csv: results of two-sided t-tests based on 100 sparCC permutations). -holomycota_alignment.fasta: multiple sequence alignment of reference holomycota 18S. -holomycota_MLtree_100nonparamboot.nwk: 18S maximum likelihood tree inferred using IQ-Tree; branch supports assessed with 100 non-parametric bootstrap replicates.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,015 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,110 | 0,049 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».