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Enregistrement W4393817338 · doi:10.5281/zenodo.5117744

Longitudinal structural MRI and behavioural data for mice prenatally exposed to maternal immune activation either early or late in gestation

2021· dataset· en· W4393817338 sur OpenAlexaffabout
Elisa Guma, Gabriel A. Devenyi, Daniel Gallino, Chloe Anastassiadis, Emily Snook, Jürgen Germann, M. Mallar Chakravarty

Notice bibliographique

RevueZenodo (CERN European Organization for Nuclear Research) · 2021
Typedataset
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueReproductive System and Pregnancy
Établissements canadiensUniversity of TorontoDouglas CollegeMcGill University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésGestationImmune systemObstetricsPregnancyMedicineBiologyPhysiologyImmunologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Prenatal maternal immune activation (MIA) is a risk factor for neurodevelopmental disorders. How the gestational timing of MIA-exposure differentially impacts downstream development remains unclear. The data presented here includes longitudinal structural magnetic resonance imaging (MRI) data from weaning to adulthood, and behavioural testing in adolescence and adulthood on C57BL/6 mice exposed to MIA induced by the viral mimetic, polyinosinic:polycytidylic acid (poly I:C) either early (gestational day [GD]9) or late (GD17) in gestation. The data published here was collected and analyzed for the following publication, where more details can be found (Guma et al., 2021 https://doi.org/10.1016/j.biopsych.2021.03.017). Briefly, we found that early MIA-exposure was associated with accelerated brain volume increases in adolescence/early-adulthood that normalized in later adulthood, in regions including the striatum, hippocampus, and cingulate cortex. Similarly, alterations in anxiety-like, stereotypic, and sensorimotor gating behaviours observed in adolescence normalized in adulthood. In contrast, MIA-exposure in late gestation had less impact on anatomical and behavioural profiles. In addition to the univariate analyses described above, we also undertook a multivariate analysis (partial least squares) to relate imaging and behavioural variables for the time of greatest alteration, i.e. adolescence/early adulthood. We further explored the molecular underpinnings of region-specific alterations in early MIA-exposed mice in adolescence using RNA sequencing (data for differentially expressed genes in the anterior cingulate cortex, dorsal hippocampus, and ventral hippocampus are available via the original publication https://doi.org/10.1016/j.biopsych.2021.03.017 for a separate cohort of adolescent mice prenatally exposed to MIA or vehicle at GD9). In this dataset, you will find a total of 376 preprocessed structural MRIs (in MINC format) acquired at postnatal day ~21, ~38, ~60, and ~90 in mice exposed to poly I:C or vehicle control (0.9% sterile saline) at GD9 or 17. These are T1-weighted, manganese enhanced (50mg/kg 24 hours pre-scan), structural images at 100 micron isotropic resolution acquired on a 7 Tesla Bruker Biospec 70/30; matrix size of 180 x 160 x 90; 14.5 minutes, 2 averages, using 5% isoflurane for induction, 1.5% for maintenance of anesthesia during the scan. T1-weighted scans were preprocessed by stripping native coordinates, flipping left-right to maintain fidelity, denoising, correcting inhomogeneities in the bias field using the N4 algorithm, and registering in LSQ6 alignment (i.e. 6 degrees of freedom are allowed for imagine alignment: translations and rotations along x, y, and z dimensions). The demographics information for each animal is included in the demographics.csv file. Behavioural tests were performed following the postnatal day 38 and 90 scans in all animals with a 2 day rest period. These include: open field test, marble burying test, three chambered social approach, and prepulse inhibition. The attentional set shifting task was also performed following the final behavioural test in the postnatal day 90 wave of behaviours. The data for all of these tests is presented in its own individual .csv spreadsheet and includes data for both the timepoints evaluated. Included in this data set are the structural MRIs in MINC format, the behavioural .csv data, and a readme.txt file providing further detail on the data structure and content, and on how to interpret the data column titles. DICOMS are also available for the structural MRI data, as are the raw (not-preprocessed) MINC files, available upon request to the authors. Finally, the authors would like to acknowledge the funding bodies that supported the completion of this work including the Canadian Institute for Health Research, the Fonds de Recherche du Québec en Santé, and the Healthy Brains for Healthy Lives at McGill University.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Jeu de données · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,063
Tête enseignante GPT0,281
Écart entre enseignants0,217 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreJeu de données

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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