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Enregistrement W4393925407 · doi:10.1101/2024.04.02.586325

In-Flights of Outbreak Populations of Mountain Pine Beetle Alter the Local Genetic Structure of Established Populations a Decade After Range Expansion

2024· preprint· en· W4393925407 sur OpenAlexafffundabout
K. Thompson, Dezene P.W. Huber, Felix A. H. Sperling, Brent W. Murray

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueForest Insect Ecology and Management
Établissements canadiensUniversity of AlbertaUniversity of Northern British Columbia
Organismes subventionnairesMinistry of EnvironmentCompute CanadaAlberta Agriculture and Forestry
Mots-clésRange (aeronautics)OutbreakGeographyMountain pine beetleEcologyGenetic structureBiologyGenetic variationGeneticsEngineeringVirology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Mountain pine beetles began to appear at epidemic levels in Alberta, Canada, in 2006, following six years of extensive outbreaks in neighboring British Columbia. We assessed the effect of genetic MPB in-flights from the peak of the outbreak on the genetic structure of established populations of MPB and the change over time in novel regions colonized by these inflights. We used five locations sampled during the peak of the outbreak (2005/2007) and re-sampled in 2016. We performed a ddRADseq protocol to generate a SNP dataset via single-end Illumina sequencing. We detected a northern and southern genetic cluster in both sampling sets (2005/2007 and 2016) and a demographic shift in cluster assignment after ∼10 generations from south to north in two of the sites in the path of the northern outbreak. Fst values were significantly different between most sites in the same years and between the same sites at different years, with some exceptions for northern sites established by inflights. Overall, sites in the spreading path of the MPB outbreak have taken on the genetic structure of the contiguous northern outbreak except for an isolated site in Golden, BC, and in Mount Robson Provincial Park where populations are admixed between north and south. Our results suggest that range expansion during insect outbreaks can alter the genetic structure of established populations and lead to interbreeding between populations.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,198
Score d'incertitude au seuil0,393

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,223
Écart entre enseignants0,213 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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