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Enregistrement W4393945084 · doi:10.21203/rs.3.rs-4181617/v1

Defining and benchmarking open problems in single-cell analysis

2024· preprint· en· W4393945084 sur OpenAlexaff
Malte D. Luecken, Scott Gigante, Daniel B. Burkhardt, Robrecht Cannoodt, Daniel Strobl, Nikolay S. Markov, Luke Zappia, Giovanni Palla, Wesley Lewis, Daniel Dimitrov, Michael Vinyard, D S Magruder, Alma Andersson, Emma Dann, Qian Qin, Dominik J. Otto, Michal Klein, Olga Botvinnik, Louise Deconinck, Kai Waldrant, Bastian Rieck, Constantin Ahlmann-Eltze, Eduardo da Veiga Beltrame, Andrew Benz, Carmen Bravo González‐Blas, Ann Chen, Benjamin DeMeo, Can Ergen, Swann Floc’hlay, Adam Gayoso, Stephanie C. Hicks, Yuge Ji, Vitalii Kleshchevnikov, Gioele La Manno, Maximilian Lombardo, Romain Lopez, Dario Righelli, Hirak Sarkar, Valentine Svensson, Alexander Tong, Galen Xing, Chenling Xu, Jonathan M. Bloom, Angela Oliveira Pisco, Julio Sáez-Rodríguez, Drausin Wulsin, Yvan Saeys, Fabian J. Theis, Smita Krishnaswamy

Notice bibliographique

RevueResearch Square · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSingle-cell and spatial transcriptomics
Établissements canadiensMila - Quebec Artificial Intelligence Institute
Organismes subventionnairesSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungCalifornia Institute of TechnologyVlaamse regeringEuropean CommissionFonds Wetenschappelijk OnderzoekSilicon Valley Community FoundationJoachim Herz StiftungNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthNational Science Foundation
Mots-clésBenchmarkingComputer scienceBusinessMarketing

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex
Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,054
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,209
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: Théorique ou conceptuel
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,054
Score d'incertitude au seuil0,286

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0540,209
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,002
Méta-épidémiologie (sens large)0,0050,003
Bibliométrie0,0030,004
Études des sciences et des technologies0,0030,017
Communication savante0,0140,015
Science ouverte0,0070,017
Intégrité de la recherche0,0060,008
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,058
Tête enseignante GPT0,356
Écart entre enseignants0,298 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations16
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentnon

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