Abstract CT203: Multi-omic analysis of serial biopsies to inform biomarkers of sensitivity to olaparib and durvalumab in patients with metastatic <i>BRCA</i>-wildtype triple negative breast cancer (mTNBC)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: The phase 2 Adaptive Multi-Drug Treatment of Evolving Cancers (AMTEC) trial (NCT03801369) evaluated the efficacy of the combination of the PARP inhibitor Olaparib (Ola) and the PD-L1 inhibitor Durvalumab (Durva) in participants with BRCA-wildtype mTNBC. The combination was found to be effective with a median progression free survival (mPFS) of 5.5 months (AACR 2022). Here we report on updated biomarker analyses from paired biopsies (Bx) pre- and on-Ola therapy from 14 AMTEC participants. Methods: AMTEC participants undergo a pre-Ola Bx (Bx1), then one (28-day) cycle of Ola monotherapy with a repeat on-Ola Bx (Bx2) before adding Durva to Ola. Multi-omic profiling of DNA, RNA, and protein signals in Bx1 and Bx2 using Deep candidate gene sequencing, RNAseq, Nanostring Digital Spatial Profiling (DSP), and multiplex immunohistochemistry (mIHC) was correlated with clinical outcomes to identify predictors of Ola + Durva sensitivity, and adaptive resistance to PARPi therapy. Results: We identified over 30 biomarkers, with the optimal predictive value arising from Bx2. Key potential biomarkers were confirmed in an independent test set. Markers of good prognosis: • Basal Immune Activated (BLIA)/Basal Immune Suppressed (BLIS subtype) - A BLIA subtype on Bx2 was associated with a mPFS of 7.36 months compared to 1.71 months for BLIS/Luminal androgen receptor subtypes (p=0.001) • Multi-omic immune composite - A positive immune consensus signature (RNA, DSP, mIHC) on Bx2 was associated with a mPFS of 7.36 months compared to 2.29 months (p=0.005) • B cell activation signature - We developed a novel B-cell RNA activation signature that was highly predictive of response in Bx2, with mPFS of 8.54 and 1.04 months in signature-positive and signature-negative tumors, respectively (p=0.0004) Markers of poor prognosis: • AKT/MAPK pathway - AKT pathway gene mutations in Bx2 with concomitant protein phosphorylation of pathway members correlated with a shorter mPFS of 2.4 months compared to 7.13 months for no pathway mutation/activation (p=0.03). MAPK pathway protein phosphorylation in Bx2 was a negative prognostic factor, with mPFS of 2.17 months (p=0.004) • Angiogenesis - An upregulated Hallmark of Cancer angiogenesis RNA signature on Bx2 was associated with a shorter mPFS of 1.94 months compared to 7.95 months with no angiogenesis upregulation (p=0.0009) The following markers did not show significant association with survival outcomes on AMTEC: • PD-L1 positivity by IHC (defined as >1% Tumor Proportion Score, 22C3 antibody) • Tumor mutational burden • HRD, as measured by Rad51 foci or by mutations in HR pathway members Conclusions: Findings highlight the value of paired Bxs to identify predictive biomarkers of PARPi + immune checkpoint inhibitor sensitivity. The striking predictive value of the BLIA/BLIS signature warrants evaluation in a larger trial. Emerging resistance mechanisms justify AMTEC trial expansion to include PARPi + MEKi or PARPi + AKTi in biomarker selected patients, which is now in progress. Citation Format: Zahi I. Mitri, Allison L. Creason, Jayne M. Stommel, Daniel Bottomly, Jeong Youn Lim, SMMART Clinical Trials Program, Christopher L. Corless, Shannon McWeeney, Gordon B. Mills. Multi-omic analysis of serial biopsies to inform biomarkers of sensitivity to olaparib and durvalumab in patients with metastatic BRCA-wildtype triple negative breast cancer (mTNBC) [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2024; Part 2 (Late-Breaking, Clinical Trial, and Invited Abstracts); 2024 Apr 5-10; San Diego, CA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2024;84(7_Suppl):Abstract nr CT203.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».