Investigation of genomic and pathogenicity characteristics of <i>Streptococcus suis</i> ST1 human strains from Guangxi Zhuang Autonomous Region (GX) between 2005 and 2020 in China
Notice bibliographique
Résumé
Streptococcus suis is a significant and emerging zoonotic pathogen. ST1 and ST7 strains are the primary agents responsible for S. suis human infections in China, including the Guangxi Zhuang Autonomous Region (GX). To enhance our understanding of S. suis ST1 population characteristics, we conducted an investigation into the phylogenetic structure, genomic features, and virulence levels of 73 S. suis ST1 human strains from GX between 2005 and 2020. The ST1 GX strains were categorized into three lineages in phylogenetic analysis. Sub-lineage 3-1a exhibited a closer phylogenetic relationship with the ST7 epidemic strain SC84. The strains from lineage 3 predominantly harbored 89K-like pathogenicity islands (PAIs) which were categorized into four clades based on sequence alignment. The acquirement of 89K-like PAIs increased the antibiotic resistance and pathogenicity of corresponding transconjugants. We observed significant diversity in virulence levels among the 37 representative ST1 GX strains, that were classified as follows: epidemic (E)/highly virulent (HV) (32.4%, 12/37), virulent plus (V+) (29.7%, 11/37), virulent (V) (18.9%, 7/37), and lowly virulent (LV) (18.9%, 7/37) strains based on survival curves and mortality rates at different time points in C57BL/6 mice following infection. The E/HV strains were characterized by the overproduction of tumor necrosis factor (TNF)-α in serum and promptly established infection at the early phase of infection. Our research offers novel insights into the population structure, evolution, genomic features, and pathogenicity of ST1 strains. Our data also indicates the importance of establishing a scheme for characterizing and subtyping the virulence levels of S. suis strains.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».