Data from simulations of mutations of tryptophan synthase
Notice bibliographique
Résumé
Data from the article "A Molecular Dynamics Simulation Study of the Effects of βGln114 Mutation on the DynamicBehavior of the Catalytic Site of the Tryptophan Synthase", A. Roy and M. Karttunen J. Chem. Inf. Model. (in press (2024) Web: https://doi.org/10.1021/acs.jcim.3c01966 Preprint: https://doi.org/10.26434/chemrxiv-2023-4bhpv Four systems of TS (Tryptophan Synthase): System = Denoted by E(PLP) = e-plp E(AEX1) = e-aex1 E(AA) = e-aa E(c3) = e-c3 Each system has 3 versions: wt = WildType ala114 = mutated version (Gln114 mutated to Ala114) asn114 = mutated version (Gln114 mutated to Asn114) Folder names: 1_E(PLP) System Folders 1_wt-e-plp 2_ala114-e-plp 3_asn114-e-plp 2_E(AEX1) System Folders 4_wt-e-aex1 5_ala114-e-aex1 6_asn114-e-aex1 3_E(AA) System Folders 7_wt-e-aa 8_ala114-e-aa 9_asn114-e-aa 4_E(c3) System Folders 10_wt-e-c3 11_ala114-e-c3 12_asn114-e-c3 File names: Each folder contains AMBER readable topology, restart, input files, and also last frame pdb file: initial system topology = system.parm7 initial restart file = system.rst7 minimization 1 input file = min.in minimization 1 restart file = min.rst7 minimization 2 input file = min-all.in minimization 2 restart file = min-all.rst7 heating input file = heat.in heating restart file = heat.rst7 equilibration input file = equil.in equilibration restart file = equil.rst7 production 1 input file = md.in production 1 restart file = md.rst7 production 2 input file = md2.in production 2 restart file = md2.rst7 last frame of production = frame40000_800ns.pdb
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,018 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».