shell scripts, R scripts, and data required to reproduce the main analyses in Sokolowski et al., 2023
Notice bibliographique
Résumé
These directories contain the scripts (shell and R) and data required for the primary analysis of Sokolowski et al., 2023. Title: Transcriptomic effects of the foraging gene shed light on pathways of pleiotropy and plasticity. Athors: Authors: Dustin J. Sokolowski1,2*, Oscar E. Vasquez3*, Michael D. Wilson1,2, Marla B. Sokolowski3,4, Ina Anreiter5 <br> Author Affiliations *Authors contributed equally 1Genetics and Genome Biology, SickKids Research Institute, Toronto, ON, Canada 2Department of Molecular Genetics, University of Toronto, Toronto, ON, Canada 3Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Toronto, Toronto, ON, Canada 4Program in Child and Brain Development, Canadian Institute for Advanced Research, ON, Canada. 5Department of Biological Sciences, University of Toronto Scarborough, Toronto, ON, Canada Corresponding Author For Manuscript: ina-dot-anreiter-at-utoronto-dot-ca Data analysis and figshare generator: dustin-dot-sokolowski-at-sickkids-dot-ca - alternative email (for when moved on from PhD) - djsokolowski95-at-gmail-dot-com <br> Each folder has it's own readme explaining the contents within. Directories have not been changed. Therefore to re-generate any output, they would need to be switched for the indivudal The raw and processed data (outside of the fastq, bw, and bam files) to regenerate the major analyses of each paper are the in /data subdirectory already. This includes all of the DEGs, pathways, varimax genes, scMappR outputs, SNP vcf files etc. <br> The sequencing information associated with these data can be found on arrayexpress https://www.ebi.ac.uk/biostudies/arrayexpress/studies/E-MTAB-12688?query=foraging <br> R packages used: - scMappR - DESeq2 - gplots - edgeR - reshape2 - ggplot2 - TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm6.ensGene - org.Dm.eg.db - ChIPseeker - ggfortify - scales - xlsx - ActivePathways - DEET - Seurat - WGCNA - pheatmap - gProfileR - dplyr - reshape <br> Genomics command-line modules used: - fastqc - STAR - trimmomatic - bwa - samtools - bedtools - bcftools - gatk (picard) - featurecounts - qualimap - DeepTools <br> <br>
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,008 | 0,046 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,005 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,468 | 0,345 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».