Additional file 1 of Sulfur-cycling chemolithoautotrophic microbial community dominates a cold, anoxic, hypersaline Arctic spring
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Figure S1.a. Photograph of GH-4 primary outlet and downstream channels (July 2019). A fine layer of gypsum coats the area around the springs. b. Location of the Gypsum Hill springs on Axel Heiberg Island, Nunavut, Canada (indicated with red dot). Map generated in QGIS with the Natural Earth dataset. c. Photograph of the Gypsum Hill springs area in which GH-4 is located. Photos: E. Magnuson. Figure S2. Phylogenetic tree of DsrAB sequences. Figure S3. Phylogenetic tree of DsrA sequences. Figure S4. Phylogenetic tree of DsrB sequences. Figure S5. Phylogenetic trees of DsrA and DsrB sequences. Figure S6. Relative abundance of reads in the metagenome and metatranscriptome classified by Kaiju using the NCBI non-redundant database (nr_euk). Relative abundance was averaged between replicates for both the metagenome and metatranscriptome. Figure S7. Level of taxonomic novelty of ASVs (2,885 ASVs in total). Figure S8. Spearman’s rank correlation of the top 50 most abundant taxa in the subset of thirteen 16S rRNA gene sequencing data sets with environmental parameters. Metadata for this plot is located in Table S4. Figure S9. NMDS plot with Bray Curtis dissimilarity matrix for 16S rRNA gene amplicon sequences from GH and comparable environments. Metadata for this plot is located in Table S4. Table S1. Physical and chemical parameters in GH-4. Table S2. Sequencing library statistics. Table S3. Metagenome co-assembly statistics. Table S4. Metadata for amplicon metagenome libraries used in beta diversity analysis. Table S5. Taxonomic count table used for beta diversity analysis. Table S6. List of contigs in each MAG. Table S7. MAG supplemental information. Table S8. Taxonomic classification of genes of interest with mapped transcripts. Table S9. Gene content of MAGs. Table S10. Relative expression of genes of interest in MAGs. Table S11. Total tpm per genome feature product ID. Table S12. Gene counts and relative expression of genes of interest in the metagenome. Table S13. Complete BLAST output of elemental sulfur reduction proteins queried against Desulfuromusa sp. GH17. Table S14. Relative expression of all genes.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,012 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,007 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,892 | 0,216 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».