Additional file 2 of Degradation pathways for organic matter of terrestrial origin are widespread and expressed in Arctic Ocean microbiomes
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 2: Table S1. Metadata and physicochemical properties of the samples collected for this study. Table S2. List of metabolic pathways (obtained from metacyc) involved in the degradation of lignin-derived aromatic compounds and their EC numbers. KO numbers, protein names and enzyme functions information is included for reactions identified as markers for these pathways. Table S3. Properties of the 46 MAGs most implicated in the degradation of aromatic compounds. Genome size, completeness, contamination, N50 values, number of genes and GC content were obtained using CheckM. The GTDB taxonomy was obtained using the nearest placement in a phylogenetic tree with the GTDBTk. The NCBI taxonomy was obtained using the nearest placement in a phylogenetic tree with CheckM.Table S4. Information and sources of genomes from other studies used in this study. Table S5. Properties of the 16 Alphaproteobacteria MAGs most implicated in the degradation of aromatic compounds and representative of the genomospecies, as well as the 12 publicly available genomes identified as their closest relatives. Table S6. Data availability.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,010 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,598 | 0,114 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».