Notice bibliographique
Résumé
Phylogenies associated with a paper in review in Plant Ecology. There is a zip file of animal trees and one for plant trees. All are in newick format. Description of tree creation: * Plants Plant phylogenies were built using Phylomatic (see http://phylodiversity.net/phylomatic; Webb & Donoghue 2004). Phylomatic is an online interface to retrieve a phylogeny based on a user-defined set of plant species taxonomic names. Branch lengths were estimated for the master plant phylogeny using the branch length adjustment algorithm (BLADJ) in the software Phylocom (Webb, Ackerly & Kembel 2008), which fixes a set of nodes in the tree to specified ages and evenly distributes the ages of the remaining nodes. We used node age estimates from Wikström et al. (2001) as incorporated in the “ages” file in the Phylocom installation. The tree file we used to run the bladj command in Phylocom is provided in multiple formats in Appendix B. See the master plant phylogeny in Appendix B and on Figshare.org. We pruned the master phylogeny for each network. * Pollinators For pollinator phylogenies for the unpublished Canadian networks we built a master phylogeny of all animal pollinators across all networks in the study in Mesquite v.2.75 (Maddison & Maddison 2011), based on a variety of published phylogenies. We then pruned the master phylogeny for each network. Pollinator phylogenies from Rezende et al. (2007) were built using a variety of sources (see Rezende et al. 2007 for details). No information on branch lengths was available for pollinator phylogenies, so we assumed all branch lengths equaled one time unit. See the master plant phylogeny in Appendix B and on Figshare.org.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,012 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,020 | 0,024 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,121 | 0,050 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».