Supplement 1. Details of the analysis of pink salmon population data, including spawner and catch data and R code for compiling spawner-recruit pairs and fitting the Ricker model.
Notice bibliographique
Résumé
File List nuSEDS_PINK.csv (md5: 817593c4467c074239177e92379db2bd) Catch_PINK.csv (md5: a9442b3ebafbf77d5437e36b6b0faad3) 1_DataCompilation.R (md5: 1eb5bac1081e5ac2f307b00e4a75c8ef) 2_PopulationAnalysis.R (md5: 017c4ea62556877b4b028bb2b4dc947d) Description The following files are made available with the intention of ensuring our manipulation of data and analysis of pink salmon populations is entirely transparent. We assume that the reader is familiar with the program R, which can be downloaded from the web at cran.r-project.org. Any errors in transcribing and manipulating the data are the sole responsibility of the authors. Additional data and code for the analysis of farm treatments and lice on wild salmon are available upon email request to Stephanie Peacock [stephanie.peacock@ualberta.ca]. nuSEDS_PINK.csv contains spawner data for pink salmon populations in British Columbia, Canada from 1950–2010, provided by Fisheries and Oceans Canada (contact: Bruce Baxter [bruce.baxter@dfo-mpo.gc.ca]). These data include the following columns: Area: Fisheries management area, the spatial scale at which catch data are reported. River: The river at which spawners were enumerated, the finest scale at which spawner data are available. Yr: The year spawners were enumerated. Escapement: The estimated number of spawners in that river in that year, from the nuSEDS database. Catch_PINK.csv contains catch data for pink salmon by management area, provided by different area managers at Fisheries and Oceans Canada (contacts: Pieter VanWill [pieter.vanwill@dfo-mpo.gc.ca] and David Peacock [david.peacock@dfo-mpo.gc.ca]). These data include the following columns: Area: Fisheries management area, the spatial scale at which catch data are reported. Odd_Even: Integer indicated whether the catch was of an odd-year population (= 1) or even year (= 2). Year: The year of the catch. Catch: The number of pieces of pink salmon caught in all fisheries for the given year and area. 1_DataCompilation.R is R code that calls the previous two data files and calculates the number of recruits per spawner. 2_PopulationAnalysis.R is R code that fits the linearized Ricker model to the spawner recruit data, and tests for an effect of sea lice on wild salmon.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,019 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,746 | 0,304 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».