Transcriptional Profile and Integrative Analyses of Long Noncoding RNAs in Primary Human Corneal Epithelial Cells in Response to HSV-1 Infection
Notice bibliographique
Résumé
Long noncoding RNAs (lncRNAs) have been demonstrated to have important regulatory functions in diverse cellular processes; however, the role of lncRNAs in the pathogenesis of herpes simplex keratitis (HSK) remains poorly understood. Primary human corneal epithelial cells (HCECs) were infected with herpes simplex virus-1 (HSV-1) and the total RNAs extracted from both the infected group and the mock-infected group subjected to microarray analysis to identify the differential expression of lncRNAs and mRNAs. We also performed bioinformatic analysis including gene ontology (GO) analysis, pathway analysis and co-expression network analysis. Compared with mock-infected group, the expression of thousands of lncRNAs and mRNAs were significantly changed, and the microarray results were validated by qRT-PCR. The most enriched GOs targeted by up-regulated transcripts were defense response, intrinsic component of plasma membrane and cytokine activity，and the most enriched GOs targeted by the down-regulated transcripts were cellular metabolic process, intracellular part and poly (A) RNA binding. Pathway analysis indicated that the most correlated pathways for up- and down-regulated transcripts were cytokine-cytokine receptor interaction and RNA transport, respectively. Our study identified the genome-wide profile of lncRNAs and mRNAs expression in primary corneal epithelial cells with HSV-1 infection. These transcriptomic data together with subsequent bioinformatic analysis will provide us with novel clue to the insight into molecular mechanism and potential therapeutic targets of HSK. Further studies are expected to verify the potentially functional genes and pathways and explore the critical lncRNAs. Long noncoding RNAs: lncRNAs; herpes simplex virus-1: HSV-1; herpes simplex virus keratitis: HSK; human corneal epithelial cells: HCECs
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».