A Model For Sea Lice (Lepeophtheirus salmonis) Dynamics In A Seasonally Changing Environment
Notice bibliographique
Résumé
Updated March 30th, 2016 This project contains R code to replicate the results of our modelling research on sea lice. The file, Marty_Data.csv, is a .csv conversion of data from Marty et al. (2010), DOI: 10.1073/pnas.1009573108. The file, RittenhouseEtAl_eggviability, fits a linear model to salinity and egg viability data from Johnson & Albright (1991). The file, RittenhouseEtAl_ModelDynamics.R produces figure 2 and figure 3 of our manuscript. The file, RittenhouseEtAl_SensitivityAnalysis.R, produces our sensitivity analysis results and figure 5 of our manuscript. The file, RittenhouseEtAl_SiteEnvironment, fits sinusoidal models to temperature and salinity data from British Columbia (Marty_Data.csv) and Newfoundland (not included), and finds the the 5th, 50th, and 95th percentiles of the temperature and salinity data at these two sites. The file, RittenhouseEtAl_R0t, finds Re(t) for the two sites as well as mortality rates and maturation times. The file, RittenhouseEtAl_CaseStudyFigure creates figure 4 of the main text. For legal reasons, we unfortunately can not include data from our Newfoundland case study site. As such, errors will be returned on the RittenhouseEtAl_SiteEnvironment.R and RittenhouseEtAl_CaseStudyFigure.R files. The information for the British Columbia site, as well as panels A, B, and C of figure 5 are still able to be replicated without this data. The files, RittenhouseEtAl_SiteEnvironment.R and RittenhouseEtAl.R0t.R should be run before RittenhouseEtAl_CaseStudyFigure.R. The files are meant to be placed in the same file and run in the following order and manner: rm(list = ls()) # clear workspace setwd() # Set this to folder's location source("RittenhouseEtAl_eggviability.R") rm(list = ls()) # clear workspace setwd() # Set this to folder's location source("RittenhouseEtAl_ModelDynamics.R") rm(list = ls()) # clear workspace setwd() # Set this to folder's location source("RittenhouseEtAl_SensitivityAnalysis.R") rm(list = ls()) # clear workspace setwd() # Set this to folder's location source("RittenhouseEtAl_SiteEnvironment.R") rm(list = ls()) # clear workspace setwd() # Set this to folder's location source("RittenhouseEtAl_R0t.R") rm(list = ls()) # clear workspace setwd() # Set this to folder's location source("RittenhouseEtAl_CaseStudyFigure.R")
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,042 | 0,007 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».