The complete chloroplast genome provides insight into the polymorphism and adaptive evolution of <i>Garcinia paucinervis</i>
Notice bibliographique
Résumé
Garcinia paucinervis is an evergreen tree with high medicinal value. Due to its vulnerable reproductive capacity coupled with excessive logging by humans, G. paucinervis has become an endangered species. In order to protect this species effectively, we drew the complete chloroplast genome of G. paucinervis and performed a series of comparative analyses on G. paucinervis and its neighbouring species. The chloroplast genome size of G. paucinervis is 157702 bp. In the chloroplast genome, we identified 130 genes, 56 RNA editing sites in the protein-coding genes, as well as 241 simple sequence repeats (SSRs) and 49 complex repetitive sequences. Comparative analysis identified some high divergent sequences in the intergenic spacers, which can be used as candidate markers for phylogenetic study. From an adaptive evolution point of view, a branch-site model analysis identified positively selected sites in 5 genes, most of which are involved in ribosome biogenesis, protein synthesis and other developmental processes. The detected codon substitutions may be associated with the evolution of G. paucinervis to adapt to the extreme habitat in karst. In addition, the result of the phylogenetic analysis supports the previous phylogenomic studies of taxa within the rosids clade. The ML tree revealed that G. mangostana was a sister to G. gummi-gutta, and they formed a diverging lineage to G. paucinervis in Garcinia. The above information is of great significance for us to understand the evolution of G. paucinervis chloroplast and lays the foundations for future studies in species conservation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».