Additional file 1 of Rare deleterious mutations of HNRNP genes result in shared neurodevelopmental disorders
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Supplementary Tables S1-S12. Table S1. Cohorts utilized in current study. Table S2. Pathogenicity predictions by gnomAD and GeVIR for each hnRNP. Table S3. Significant p values of two-way ANOVA between cell type and transcripts per million (TPM) for each NDD HNRNP’s GTEx data. Table S4. P values and fold change for scRNA data from developing human cortex. Table S5. Significant p values of two-way ANOVA between cell type and fold expression for each HNRNP. Table S6. De novo enrichment and CLUMP analyses of current cohort. Table S7. Phenotypes among HNRNP-related disorders. Table S8. Uncorrected p values for pairwise Fisher’s exact tests for each phenotype occurring in 20% of an HNRNP group. Table S9. Uncorrected p values for phenotype correlations between each HNRNP-related disorder. Table S10. Variants and phenotypes for HNRNPs with < 3 probands. Table S11. Probands with copy number variants. Table S12. Shared HPO terms with similarly presenting genetic disorders.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,013 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,529 | 0,094 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».