The role of genomes in advancing biological control research
Notice bibliographique
Résumé
This talk was given at the 2018 ESA/ESC/ESBC Joint Meeting in Vancouver, Canada, at the Member Session, “Rapid evolution in biological control systems: implications for safety and effectiveness” on November 11th, 2018 Abstract: While initially confined to the realm of model species (such as Nasonia and Drosophila), genome sequencing, assembly, and annotation is becoming more accessible and feasible for de novo projects. There are several uses for the genomes of biocontrol agents, including for the purpose of improvement or risk assessment. For instance, is it possible to make a zoophytophagous mirid predator like Nesidiocoris tenuis less phytophagous via selection? Or when releasing a parasitoid wasp like Trichogramma brassicae into the field, is it possible to track different species as well as strains of the same species the next season? While very different biocontrol agents, and very different questions, both could be addressed using genomes and the types of data generated by genome projects. Moreover, published genomes become a common good, accessible to all researchers who wish to use it, thus opening several avenues of research previously unavailable. Here, I will highlight the role of genomes in advancing biocontrol research, using examples from our work on the sequencing, assembly, and annotation of the genomes of three biocontrol agents: the mirid bug Nesidiocoris tenuis, the parasitoid wasp Trichogramma brassicae, as well as the predatory mite Amblyseius swirskii.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,028 | 0,051 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,007 |
| Communication savante | 0,010 | 0,025 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,007 |
| Intégrité de la recherche | 0,008 | 0,012 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,008 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».