Detection of released free heme by erythrocytes by metabolomics
Notice bibliographique
Résumé
<b>Heme analysis by metabolomics</b><br><b>Sample Extraction</b>: metabolomics´ analyzes were performed by combining supernatants from two different solvent precipitation process: (i) 400 µL of sodium-phosphate buffer (pH 7.0) was added to 400 µL of whole blood and mixed. Then, 1200 µL of acetonitrile was added, vortexed for 10 seconds and centrifuged at 13,000 g. The same process was repeated (ii) in another 400 µL of sodium-phosphate buffer (pH 7.0) previously added to 400 µL of whole blood and mixed, but replacing the acetonitrile by 1200 µL of methanol, vortexed for 10 seconds, and centrifuged at 13,000 g. Both supernatants were transferred to a new test tube and mixed. The organic solvents were evaporated at nitrogen flow, and the extracted resuspended in 1 mL of 2% acetic acid water solution for the analysis by LC-HRMS. <b>LC-HRMS analysis:</b> The analytical platform used was an AccelaLC (ThermoFisher Scientific, Bremen, Germany) coupled to a QExactive Orbitrap Plus (MS) mass spectrometer (ThermoFisher Scientific, Bremen, Germany). Non-Target statistical analyzes were performed using a differential analysis platform, the SIEVE® software version 2.1 (ThermoFisher Scientific, Rockford, USA). The masses selected from the analysis of SIEVE were searched for in two different databases of human metabolites: Human Metabolome Database (HMDB; The metabolomics Innovation Center, Canada, USA) and MetabolomicsDatabase (METLIN ™; California, USA). <b>Chemometrics: </b>The raw data acquired with LC–HRMS were directly processed with Sieve applying the experiment type defined as “Small Molecule”, “Chromatographic Alignment and Framing”, and “Two Sample Differential Analysis” options. Sieve® software operated in two steps, comprising a first alignment of the chromatogram employing a ChromAlign™ algorithm, and second, a recursive base-peak framing, where spectral data from samples in the experiment were grouped by relative intensity. The data matrix was constructed by Sieve with the samples as observations, the m/z values and retention time pairs as the response variables, identifying statistically significant abundance differences in the signal intensity of m/z values among different samples.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,769 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».