Whole genome sequencing and phylogenomic analysis show support for the splitting of genus <i>Pythium</i>
Notice bibliographique
Résumé
The genus <i>Pythium</i> (nom. cons.) sensu lato (s.l.) is composed of many important species of plant pathogens. Early molecular phylogenetic studies suggested paraphyly of <i>Pythium</i>, which led to a formal proposal by Uzuhashi and colleagues in 2010 to split the genus into <i>Pythium</i> sensu stricto (s.s.), <i>Elongisporangium, Globisporangium, Ovatisporangium</i> (= <i>Phytopythium</i>), and <i>Pilasporangium</i> using morphological characters and phylogenies of the mt cytochrome <i>c</i> oxidase subunit 2 (<i>cox2</i>) and D1–D2 domains of nuc 28S rDNA. Although the split was fairly justified by the delineating morphological characters, there were weaknesses in the molecular analyses, which created reluctance in the scientific community to adopt these new genera for the description of new species. In this study, this issue was addressed using phylogenomics. Whole genomes of 109 strains of <i>Pythium</i> and close relatives were sequenced, assembled, and annotated. These data were combined with 10 genomes sequenced in previous studies. Phylogenomic analyses were performed with 148 single-copy genes represented in at least 90% of the taxa in the data set. The results showed support for the division of <i>Pythium</i> s.l. The status of alternative generic names that have been used for species of <i>Pythium</i> in the past (e.g., <i>Artotrogus, Cystosiphon, Eupythium, Nematosporangium, Rheosporangium, Sphaerosporangium</i>) was investigated. Based on our molecular analyses and review of the <i>Pythium</i> generic concepts, we urge the scientific community to adopt the generic names <i>Pythium, Elongisporangium, Globisporangium</i>, and their concepts as proposed by Uzuhashi and colleagues in 2010 in their work going forward. In order to consolidate the taxonomy of these genera, some of the recently described <i>Pythium</i> spp. are transferred to <i>Elongisporangium</i> and <i>Globisporangium</i>.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,146 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».