Investigation into archaeal extremophilic lifestyles through comparative proteogenomic analysis
Notice bibliographique
Résumé
Archaea are a group of primary life forms on Earth and could thrive in many unique environments. Their successful colonization of extreme niches requires corresponding adaptations at proteogenomic level in order to maintain stable cellular structures and active physiological functions. Although some studies have already investigated the extremophilic lifestyles of archaeal species based on genomic features and protein structures, there is a lack of comparative proteogenomic analysis in a large scale. In this study, we explored 686 high-quality archaeal genomes (proteomes) sourced from the Pathosystems Resource Integration Center (PATRIC) database. General patterns of genomic features such as genome size, coding capacity (coding genes and non-coding regions), and G + C contents were re-confirmed. Protein domain distribution patterns were then identified across archaeal species. Domains with unknown functions (DUFs) and mini proteins were investigated in terms of their distributions due to their importance in archaeal physiological functions. In addition, physicochemical properties of protein sequences, such as stability, hydrophobicity, isoelectric point, aromaticity and amino acid compositions in corresponding archaeal groups were compared. Unique features associated with extremophilic lifestyles were observed, which suggested that evolutionary adaptations to different extreme environments had intrinsic impacts on archaeal protein features. Taken together, this systematic study facilitates a better understanding of the mechanisms behind the extremophilic lifestyles of archaeal species, which will further contribute to the evolutionary explorations of archaeal adaptations both experimentally and theoretically in the future studies. Communicated by Ramaswamy H. Sarma
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,532 | 0,045 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».