Methods, FASTA files and relevant statistics for draft MAGs generated from an anaerobic nitrate-reducing benzene-degrading enrichment culture
Notice bibliographique
Résumé
Presented within are draft metagenome assembled genomes (MAGs) created from multiple genome assemblies of nitrate-reducing benzene-degrading enrichment cultures (NRBC) derived from soil samples collected from a decommissioned gas station located in Toronto, Canada. The primary objective was to obtain closed genomes of organisms from NRBC in order to understand each organism's role in the enrichment culture. Two Microbial Resource Announcements link to this data.Associated data and methods are provided in the following 5 items:1. A readme file describing all of the associated datasets and methods for assembly and binning, as well as references.2. An excel file (with multiple worksheets) with links to NCBI-deposited raw reads and metagenome assemblies as well as quality statistics for draft metagenome assembled genomes (MAGs).3. A metagenome assembly created using assembler IDBA-UD v. 1.1.1 from the 2018 Illumina paired end sequencing dataset that was not deposited to NCBI as it was too similar to the assembly created with Spades v. 3.10.1 (deposited as JAUJDY010000000) but did yield a good starting bin for Thermincola.4. FASTA files for the 79 dereplicated MAGs created from the multiple genome assemblies in different years of various subcultures of an anaerobic nitrate-reducing benzene-degrading enrichment culture (NRBC).5. A gap-filling perl script used to assemble contigs.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,015 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,004 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,008 | 0,010 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,231 | 0,120 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».