Mycobiomes of tomato plants with vine decline
Notice bibliographique
Résumé
Tomato vine decline (TVD) in south-western Ontario is a disease with symptoms that include premature plant senescence, root browning and rotting, and fruit yield reduction. Soilborne fungi cause similar vine decline symptoms in melons and potatoes. To identify which potential pathogens might be associated with TVD, we undertook both a DNA and culture based survey of the fungi found in roots and rhizospheres of field and lab grown plants. DNA finger printing revealed that roots are colonized by significantly different fungal populations than those found in rhizospheres or the soil in which they are grown. The fungal species associated with TVD resistant ‘Beaufort’ and ‘RST-04–105-T’ rootstocks were also consistently different from those in the TVD susceptible commercial variety ‘Heinz 2401ʹ. Mycobiomes in ‘Heinz 2401ʹ roots and rhizospheres changed significantly when plants were grown in sterile sand, TVD infested soil, or in the same soil that had been amended with molasses. Internal transcribed spacer (ITS) region sequences derived from PCR product clones or fungal cultures isolated from roots identified 53 different fungal species. Annotated DNA fingerprints showed that roots of all plants grown in soil contained Verticillium dahliae, a destructive vascular pathogen of tomatoes, while only susceptible ‘Heinz 2401ʹ roots were infected with the obligate parasite Olpidium virulentus. While these two pathogens may both be reducing tomato yields in Ontario, it appears that existing tomato rootstock varieties may be resistant to infection by O. virulentus. This poorly characterized soil-transmitted Chrytidiomycete may be contributing to TVD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».