Phenotypic and molecular analysis of nontypeable Group B streptococci: identification of <i>cps2a</i> and hybrid <i>cps2a/cps5</i> Group B streptococcal capsule gene clusters
Notice bibliographique
Résumé
The Group B streptococcus (GBS) can express a capsular polysaccharide (CPS). There are ten recognized CPSs (Ia, Ib, and II–IX). A GBS isolate is considered nontypeable (NT) when CPS cannot be identified as one of ten types. Two groups of GBS NT isolates were studied, isolates without surface sialic acid (sia(−)) and isolates with surface sialic acid (sia(+)). The first objective was to characterize NT sia(−) isolates that failed CPS identification by an immunodiffusion antisera typing assay and a RT-PCR capsule typing assay. NT sia(−) isolates were characterized by assaying phenotypic changes and identifying <i>covR/S</i> mutations that may potentially have a role in the altered phenotypes. The second objective was to characterize NT sia(+) isolates that failed to identify as one of the ten CPS types by an immundiffusion antisera-based typing assay and a RT-PCR capsule typing assay yet expressed capsule. Fifteen NT sia(−) isolates displayed increased β hemolysis/orange pigmentation, decreased CAMP activity, inability to form biofilm, and susceptibility to phagocytosis by human blood. DNA sequence analysis of the <i>covR/S</i> genes in the sia(−) isolates found mutations in 14 of 15 isolates assayed. These mutations in the <i>covR/S</i> genes may potentially contribute to lack of expression of phenotypic traits assayed in vitro. For the three NT sia(+) isolates, whole-genome sequence analyses identified two isolates with <i>cps</i> gene clusters identical to the recently described and uncommon CPSIIa type. The third isolate possessed a hybrid cluster containing <i>cps</i> genes for both CPSIIa and CPSV suggesting recombination between these two gene clusters.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».