Additional file 8: Table S2. of Reversing chromatin accessibility differences that distinguish homologous mitotic metaphase chromosomes
Notice bibliographique
Résumé
CNV and gene expression data in context of regions with DA and equivalent accessibility. Single copy probe locations of regions with DA (in bold) and equivalent accessibility (i.e. without DA) are from indicated GRCh37 genomic coordinates. Overlapping CNVs in the population from Healthy Sample (HS) and Ontario Population Genomics Platform (OPGP) are separated by a “//.” No recurrent CNVs (diploid copy number state) were observed in regions overlapped by single copy probes, and are indicated by a “0”. A 179 kb gain in region of single copy probe within C9orf66 was seen in only 1 out of ~400 HS individuals. This observation is a rare CNV and the region in which it resides, does not exhibit DA. SC probe locations do not overlap locations of CNVs reported in cell line GM06326 (see methods). GM10958 cell line CNV data have not been analyzed by genomic microarray analysis. This cell line has been characterized as phenotypically normal (Coriell Cell Repository). Compared to other tissues, mRNA abundance among human lymphocytes cells (EBV transformed, n = 54 individuals) showed low or no expression (most values below 0 on log10 scale, Genotype-Tissue Expression – GTEx database) for each of the single copy probes tested. C9orf66 expression was not catalogued in GTEx. The EMBL expression atlas (Illumina body map, http://www.ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-MTAB-513) confirmed that it is not expressed in leukocytes. Marks of transcriptionally active chromatin (i.e. H3K36me3, H4K20me1 - reported values represent integrated intensities) were not significantly present (p = 0.91) in either DA (in bold, μ = 170.86) or equivalent accessible genomic regions (μ = 161.15). Integrated intensity values were processed from ENCODE ChIP-seq data on lymphoblastoid cell line GM12878 using the Broad histone signal intensity ‘StdSig’ setting within the UCSC Genome Table browser.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,023 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,885 | 0,228 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».