New molecular markers for distinguishing the main phylogenetic lineages within <i>Alternaria</i> section <i>Alternaria</i>
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Notice bibliographique
Résumé
Several members of <i>Alternaria</i> section <i>Alternaria</i> are economically important plant-pathogenic fungi that cause disease on a wide range of host types and plant tissues. The production of <i>Alternaria</i>-derived mycotoxins can lead to significant post-harvest losses due to contamination of agricultural products. Multiple <i>Alternaria</i> species are listed as regulated organisms, which are monitored by international plant protection programmes. These taxa often share high levels of both morphological and phylogenetic similarity, and the establishment of molecular markers that are able to distinguish among them unambiguously has proven to be quite challenging. Previously, we examined fine-scale genome-wide phylogenetic patterns and proposed a list of candidate genes for development into informative markers that are diagnostic for the main section <i>Alternaria</i> lineages. Here, we design primer sets and sequence three new markers (<i>ASA-05, ASA-10, ASA-19</i>) in order to evaluate their diagnostic performance. Sequence data for 49 new independent test taxa were combined with existing data for 38 taxa, and phylogenetic analyses revealed that, in general, the new molecular markers consistently classified section <i>Alternaria</i> strains into one of the main lineages. A discrepancy among the three markers for lineage assignment was observed only for one strain. We also sequenced a commonly used marker in molecular phylogenetics of fungi (<i>rpb2</i>, RNA polymerase II second largest su bunit) and found it was outperformed by all three of the new markers. We suggest that an <i>ASA</i> marker presented here could form the basis of a convenient one-locus test for rapid and routine diagnostic screening of unknown section <i>Alternaria</i> strains.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,180 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle