Additional file 5 of An integrated gene catalog and over 10,000 metagenome-assembled genomes from the gastrointestinal microbiome of ruminants
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 4: Table S10. Comparison of the levels of COG functional modules of the microbiome across the ruminant GIT regions. Table S11. Comparison of the levels of KO functional modules of the microbiome across the ruminant GIT regions. Table S12. Comparison of the levels of CAZyme functional modules of the microbiome across the ruminant GIT regions. Table S13. Quality information and assessment of 28,543 MAGs produced in this study. Table S14. Bins that aligned to fungal or protozoan genomes from GenBank. Table S15. Quality information for 310,661 viral contigs generated from our dataset. Table S16. Genomic statistics for 10,373 nonredundant MAGs from our dataset. Table S17. Taxonomic classification and genome properties of 367 MAGs aggregated in Module 47 of Fig. 4. Table S18. Taxonomic information for the top 10 Hub genomes in each GIT region. Table S19. The 41,369 bacterial, 2,163 archaeal, 2,647 fungal and 468 protozoan reference genomes from GenBank used in this study. Table S20. Collection of 7,052 previously published ruminant microbial genomes. Table S21. Quality assessment and taxonomic classification of 8,745 uncultured candidate bacterial and archaeal species. Table S22. Read classification rate of 635 published metagenomic samples and 370 GIT samples in this study using GenBank, RMG and USG. Table S23. The 850,749 CAZyme-predicted proteins from the 8,745 USGs listed in Additional file 4: Table S18. Table S24. The 12,578 predicted PULs and taxonomic classification of 1,772 USGs. Table S25. Number and characteristics of biosynthetic gene clusters identified in the USGs. Table S26. Comparison of GPs in the genomes assigned to the phylum Proteobacteria. Table S27. Taxonomic classification and distribution of 160 archaeal MAGs among the GIT regions. Table S28. Taxonomic classification and counts of predicted hydrogenases among the 6,152 MAGs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,007 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,718 | 0,162 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».