Additional file 1 of Insights into genomic evolution from the chromosomal and mitochondrial genomes of Ustilaginoidea virens
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Table S1. Chromosome lengths in genome assemblies of U. virens strains UV8b and UVP1. Table S2. List of candidate effector proteins in U. virens. Table S3. The average distance of effector genes apart from adjacent transposable elements in U. virens genome. Table S4. Conservation analysis of candidate effector proteins in U. virens compared with the closely related fungal species M. anisopliae and F. graminearum. Table S5. Location of the U. virens strains collected in this study. Table S6. SNP frequencies in coding sequences of candidate effector- and secreted protein-encoding genes in different U. virens strains compared with the reference genome. Table S7. The predicted structural variations between U. virens UV8b and UVP1 genomes. Table S8. Lineage specific regions in UV8b genome identified through comparisons with other U. virens strains. Table S9. The sizes of fungal mitochondrial genomes collected from MiToFun database. Table S10. The putative open reading frames in intronic regions of the mitochondrial genes in UV8b. Table S11. The sizes of mitochondrial genomes in different U. virens strains. Table S12. The quality of genome assemblies using non-hybrid and hybrid assembling methods.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,296 | 0,079 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».