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Additional file 4 of Implicating genes, pleiotropy, and sexual dimorphism at blood lipid loci through multi-ancestry meta-analysis
Stavroula Kanoni, Sarah E. Graham, Yuxuan Wang, Ida Surakka, Shweta Ramdas, Xiang Zhu, Shoa L. Clarke, Konain Fatima Bhatti, Sailaja Vedantam, Thomas W. Winkler, Adam E. Locke, Eirini Marouli, Greg J. M. Zajac, Kuan-Han H. Wu, Ioanna Ntalla, Qin Hui, Derek Klarin, Austin T. Hilliard, Zeyuan Wang, Chao Xue, Guðmar Þorleifsson, Anna Helgadóttir, Daníel F. Guðbjartsson, Hilma Hólm, Isleifur Olafsson, Mi Yeong Hwang, Sohee Han, Masato Akiyama, Saori Sakaue, Chikashi Terao, Masahiro Kanai, Wei Zhou, Ben Brumpton, Humaira Rasheed, Aki S. Havulinna, Yogasudha Veturi, Jennifer A. Pacheco, Elisabeth A. Rosenthal, Todd Lingren, QiPing Feng, Iftikhar J. Kullo, Akira Narita, Jun Takayama, Hilary C. Martin, Karen A. Hunt, Bhavi Trivedi, Jeffrey Haessler, Franco Giulianini, Yuki Bradford, Jason E. Miller, Archie Campbell, Kuang Lin, Iona Y. Millwood, Asif Rasheed, George Hindy, Jessica D. Faul, Wei Zhao, David R. Weir, Constance Turman, Hongyan Huang, Mariaelisa Graff, Ananyo Choudhury, Dhriti Sengupta, Anubha Mahajan, Michael R. Brown, Weihua Zhang, Ketian Yu, Ellen M. Schmidt, Anita Pandit, Stefan Gustafsson, Xianyong Yin, Jian’an Luan, Jing-Hua Zhao, Fumihiko Matsuda, Hye-Mi Jang, Kyungheon Yoon, Carolina Medina‐Gómez, Achilleas Pitsillides, Jouke‐Jan Hottenga, Andrew R. Wood, Yingji Ji, Zishan Gao, Simon Haworth, Noha A. Yousri, Ruth E. Mitchell, Jin Fang Chai, Mette Aadahl, Anne Ahrendt Bjerregaard, Jie Yao, Ani Manichaikul, Chii‐Min Hwu, Yi‐Jen Hung, Helen R. Warren, Julia Ramírez, Jette Bork‐Jensen, Line Lund Kårhus, Anuj Goel, Maria Sabater‐Lleal, Raymond Noordam, Mauro Pala, Matteo Floris, Aaron F. McDaid, Pedro Marques‐Vidal, Matthias Wielscher, Stella Trompet, Naveed Sattar, Line T. Møllehave, Matthias Munz, Lingyao Zeng, Jianfeng Huang, Bin Yang, Alaitz Poveda, Azra Kurbasic, Claudia Lamina, Lukas Forer, Markus Scholz, Tessel E. Galesloot, Jonathan P. Bradfield, Sanni E. Ruotsalainen, EWarwick Daw, Joseph M. Zmuda, Jonathan S. Mitchell, Christian Fuchsberger, Henry Christensen, Jennifer A. Brody, Miguel Vazquez-Moreno, Mary F. Feitosa, Mary K. Wojczynski, Zhe Wang, Michael Preuß, Massimo Mangino, Paraskevi Christofidou, Niek Verweij, Jan W. Benjamins, Jorgen Engmann, Noah L. Tsao, Anurag Verma, Roderick C. Slieker, Ken Sin Lo, Nuno R. Zilhao, Phuong Le, Marcus E. Kleber, Graciela E. Delgado, Shaofeng Huo, Daisuke D. Ikeda, Hiroyuki Iha, Jian Yang, Jun Liu, Ayşe Demirkan, Hampton L. Leonard, Jonathan Marten, Mirjam Frank, Börge Schmidt, Laura J. Smyth, Marisa Cañadas‐Garre, Chaolong Wang, Masahiro Nakatochi, Andrew Wong, Nina Hutri‐Kähönen, Xueling Sim, Rui Xia, Alicia Huerta‐Chagoya, Juan Carlos Fernández-López, Valeriya Lyssenko, Suraj S. Nongmaithem, Swati Bayyana, Heather M. Stringham, Marguerite R. Irvin, Christopher Oldmeadow, Han‐Na Kim, Seungho Ryu, Paul R. H. J. Timmers, Liubov Arbeeva, Rajkumar Dorajoo, Leslie A. Lange, Gauri Prasad, Laura Lorés‐Motta, Marc Pauper, Jirong Long, Xiaohui Li, Elizabeth Theusch, Fumihiko Takeuchi, Cassandra N. Spracklen, Anu Loukola, Sailalitha Bollepalli, Sophie C. Warner, Ya Xing Wang, Wen Bin Wei, Teresa Nutile, Daniela Ruggiero, Yun Ju Sung, Shufeng Chen, Fangchao Liu, Jingyun Yang, Katherine A. Kentistou, Bernhard Banas, Giuseppe Giovanni Nardone, Karina Meidtner, Lawrence F. Bielak, Jennifer A. Smith, Prashantha Hebbar, Aliki‐Eleni Farmaki, Edith Hofer, Maoxuan Lin, Maria Pina Concas, Simona Vaccargiu, Peter J. van der Most, Niina Pitkänen, Brian E. Cade, Sander W. van der Laan, Kumaraswamy Naidu Chitrala, Stefan Weiß, Amy R. Bentley, Ayo P. Doumatey, Adebowale Adeyemo, Jong‐Young Lee, Annette Peters, Aneta A. Nielsen, Hyeok Sun Choi, Maria Nethander, Sandra Freitag-Wolf, Lorraine Southam, Nigel W. Rayner, Carol A. Wang, Shih-Yi Lin, Jun‐Sing Wang, Christian Couture, Leo-Pekka Lyytikäinen, Kjell Nikus, Gabriel Cuéllar-Partida, Henrik Vestergaard, Bertha Hidalgo, Olga Giannakopoulou, Qiuyin Cai, Morgan O. Obura, Jessica van Setten, Xiaoyin Li, Jingjing Liang, Hua Tang, Natalie Terzikhan, Jae Hun Shin, Rebecca D. Jackson, Alex P. Reiner, Lisa W. Martin, Zhengming Chen, Liming Li, Takahisa Kawaguchi, Joachim Thiery, Joshua C. Bis, Lenore J. Launer, Huaixing Li, Mike A. Nalls, Olli T. Raitakari, Sahoko Ichihara, Sarah H. Wild, Christopher P. Nelson, Harry Campbell, Susanne Jäger, Toru Nabika, Fahd Al-Mulla, Harri Niinikoski, Peter S. Braund, Ivana Kolčić, Péter Kovács, Tota Giardoglou, Tomohiro Katsuya, Dominique P.V. de Kleijn, Gert J. de Borst, Eung Kweon Kim, Hieab H.H. Adams, M. Arfan Ikram, Xiaofeng Zhu, Folkert W. Asselbergs, Adriaan O. Kraaijeveld, Joline W. J. Beulens, Xiao‐Ou Shu, Loukianos S. Rallidis, Oluf Pedersen, Torben Hansen, Paul Mitchell, Alex W. Hewitt, Mika Kähönen, Louis Përusse, Claude Bouchard, Anke Tönjes, Yii‐Der Ida Chen, Craig E. Pennell, Trevor A. Mori, Wolfgang Lieb, André Franke, Claes Ohlsson, Dan Mellström, Yoon Shin Cho, Hyejin Lee, Jian-Min Yuan, Woon‐Puay Koh, Sang Youl Rhee, Jeong‐Taek Woo, Iris M. Heid, Klaus Stark, Martina E. Zimmermann, Henry Völzke, Georg Homuth, Michele K. Evans, Alan B. Zonderman, Ozren Polašek, Gerard Pasterkamp, Imo E. Hoefer, Susan Redline, Katja Pahkala, Albertine J. Oldehinkel, Harold Snieder, Ginevra Biino, Reinhold Schmidt, Helena Schmidt, Stefania Bandinelli, George Dedoussis, Thangavel Alphonse Thanaraj, Sharon L. R. Kardia, Patricia A. Peyser, Norihiro Kato, Matthias B. Schulze, Giorgia Girotto, Carsten A. Böger, Bettina Jung, Peter K. Joshi, David A. Bennett, Philip L. De Jager, Xiangfeng Lu, Vasiliki Mamakou, Morris Brown, Mark J. Caulfield, Patricia B. Munroe, Xiuqing Guo, Marina Ciullo, Jost B. Jonas, Nilesh J. Samani, Jaakko Kaprio, Päivi Pajukanta, Teresa Tusié‐Luna, Carlos A. Aguilar‐Salinas, Linda S. Adair, Sonny Augustin Bechayda, H. Janaka de Silva, Ananda R. Wickremasinghe, Ronald M. Krauss, Jer‐Yuarn Wu, Wei Zheng, Anneke I. den Hollander, Dwaipayan Bharadwaj, Adolfo Correa, James G. Wilson, Lars Lind, Chew‐Kiat Heng, Amanda E. Nelson, Yvonne M. Golightly, James F. Wilson, Brenda W.J.H. Penninx, Hyung-Lae Kim, John Attia, Rodney J. Scott, D. C. Rao, Donna K. Arnett, Steven C. Hunt, Mark Walker, Heikki A. Koistinen, Giriraj R. Chandak, Josep M. Mercader, Maria C. Costanzo, Dongkeun Jang, Noël P. Burtt, Clicerio González Villalpando, Lorena Orozco, Myriam Fornage, EShyong Tai, Rob M. van Dam, Terho Lehtimäki, Nish Chaturvedi, Mitsuhiro Yokota, Jianjun Liu, Dermot F. Reilly, Amy Jayne McKnight, Frank Kee, Karl‐Heinz Jöckel, Mark I. McCarthy, Véronique Vitart, Caroline Hayward, Eleanor M. Simonsick, Cornelia M. van Duijn, Zi‐Bing Jin, Jia Qu, Haretsugu Hishigaki, Lin Xu, Winfried März, Vilmundur Guðnason, Jean‐Claude Tardif, Guillaume Lettre, Leen M. ‘t Hart, Petra J. M. Elders, Scott M. Damrauer, Meena Kumari, Mika Kivimäki, Pim van der Harst, Tim D. Spector, Ruth J. F. Loos, Michael A. Province, Esteban J. Parra, Miguel Cruz, Bruce M. Psaty, Ivan Brandslund, Peter P. Pramstaller, Charles N. Rotimi, Kaare Christensen, Samuli Ripatti, Elisabeth Widén, Håkon Håkonarson, Struan F.A. Grant, Lambertus A. Kiemeney, Jacqueline de Graaf, Markus Loeffler, Florian Kronenberg, Dongfeng Gu, Jeanette Erdmann, Heribert Schunkert, Paul W. Franks, Allan Linneberg, J. Wouter Jukema, Amit V. Khera, Minna Männikkö, Marjo‐Riitta Järvelin, Zoltán Kutalik, Cucca Francesco, Dennis O. Mook‐Kanamori, Ko Willems van Dijk, Hugh Watkins, David P. Strachan, Niels Grarup, Peter S. Sever, Neil R Poulter, Lee‐Ming Chuang, Jerome I. Rotter, Thomas Meinertz Dantoft, Fredrik Karpe, Matt J. Neville, Nicholas J. Timpson, Ching‐Yu Cheng, Tien Yin Wong, Chiea Chuen Khor, Hengtong Li, Charumathi Sabanayagam, Christian Gieger, Andrew T. Hattersley, Nancy L. Pedersen, Patrik K. E. Magnusson, Dorret I. Boomsma, LAdrienne Cupples, Joyce B. J. van Meurs, Mohsen Ghanbari, Penny Gordon‐Larsen, Wei Huang, Young Jin Kim, Yasuharu Tabara, Nicholas J. Wareham, Claudia Langenberg, Eleftheria Zeggini, Johanna Kuusisto, Markku Laakso, Erik Ingelsson, Gonçalo R. Abecasis, John C. Chambers, Jaspal S. Kooner, Paul S. de Vries, Alanna C. Morrison, Scott Hazelhurst, Michèle Ramsay, Kari E. North, Martha L. Daviglus, Peter Kraft, Nicholas G. Martin, John B. Whitfield, Shahid Abbas, Danish Saleheen, Robin G. Walters, Michael V. Holmes, Corri Black, Blair H. Smith, Aris Baras, Anne E. Justice, Julie E. Buring, Paul M. Ridker, Daniel I. Chasman, Charles Kooperberg, Gen Tamiya, Masayuki Yamamoto, David A. van Heel, Richard C. Trembath, Wei-Qi Wei, Gail P. Jarvik, Bahram Namjou, M. Geoffrey Hayes, Marylyn D. Ritchie, Pekka Jousilahti, Veikko Salomaa, Kristian Hveem, Bjørn Olav Åsvold, Michiaki Kubo, Yukinori Okada, Yoshinori Murakami, Bong‐Jo Kim, Unnur Þorsteinsdóttir, Kāri Stefánsson, Jifeng Zhang, YEugene Chen, Yuk‐Lam Ho, Julie A. Lynch, Daniel J. Rader, Philip S. Tsao, Kyong‐Mi Chang, Kelly Cho, Christopher J. O’Donnell, John Michael Gaziano, Peter W.F. Wilson, Timothy M. Frayling, Joel N. Hirschhorn, Sekar Kathiresan, Karen L. Mohlke, Yan V. Sun, Andrew P. Morris, Michael Boehnke, Christopher D. Brown, Pradeep Natarajan, Panos Deloukas, Cristen J. Willer, Themistocles L. Assimes, Gina M. Peloso
Notice bibliographique
RevueUWA Profiles and Research Repository (UWA) · 2023
Typedataset
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMetabolomics and Mass Spectrometry Studies
Établissements canadiensInstitute for Clinical Evaluative SciencesChildren's Hospital of Eastern OntarioUniversity of TorontoUniversity of OttawaUniversité de MontréalUniversité LavalOttawa HospitalMontreal Heart Institute
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésSexual dimorphismPleiotropyBiologyGeneticsGeneMeta-analysisEvolutionary biologyComputational biologyPhenotypeZoologyInternal medicineMedicine
Résumé
Additional file 4: Table S3. Text mining results for the PoPS+ prioritized genes.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Jeu de données · Signal consensuel: Jeu de données
Score de désaccord entre enseignants0,019
Score d'incertitude au seuil1,000
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,008 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Tête enseignante Opus0,101
Tête enseignante GPT0,354
Écart entre enseignants0,253 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreJeu de données
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».
En bref
Citations0
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui