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Enregistrement W4394303265 · doi:10.6084/m9.figshare.22684261

A meta-analysis of epigenome-wide association studies on pregnancy vitamin B12 concentrations and offspring DNA methylation

2023· dataset· en· W4394303265 sur OpenAlexaff
Giulietta S. Monasso, Thanh T. Hoang, Giulia Mancano, Sílvia Fernández‐Barrés, John Dou, Vincent W.V. Jaddoe, Christian M. Page, Laura Johnson, Mariona Bustamante, Kelly M. Bakulski, Siri E. Håberg, Per Magne Ueland, Thomas Battram, Simon Kebede Merid, Erik Melén, Doretta Caramaschi, Leanne K. Küpers, Jordi Sunyer, Wenche Nystad, Sandra G. Heil, Rebecca J. Schmidt, Martine Vrijheid, Gemma C. Sharp, Stephanie J. London, Janine F. Felix

Notice bibliographique

RevueSocio-Environmental Systems Modeling · 2023
Typedataset
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueFolate and B Vitamins Research
Établissements canadiensUniversity of Saskatchewan
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésEpigenomeOffspringDNA methylationVitamin B12Meta-analysisBiologyGeneticsPregnancyMethylationEpigeneticsDNAPhysiologyMedicineInternal medicineGeneEndocrinology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Circulating vitamin B12 concentrations during pregnancy are associated with offspring health. Foetal DNA methylation changes could underlie these associations. Within the Pregnancy And Childhood Epigenetics Consortium, we meta-analysed epigenome-wide associations of circulating vitamin B12 concentrations in mothers during pregnancy (<i>n</i> = 2,420) or cord blood (<i>n</i> = 1,029), with cord blood DNA methylation. Maternal and newborn vitamin B12 concentrations were associated with DNA methylation at 109 and 7 CpGs, respectively (False Discovery Rate <i>P</i>-value &lt;0.05). Persistent associations with DNA methylation in the peripheral blood of up to 482 children aged 4–10 y were observed for 40.7% of CpGs associated with maternal vitamin B12 and 57.1% of CpGs associated with newborn vitamin B12. Of the CpGs identified in the maternal meta-analyses, 4.6% were associated with either birth weight or gestational age in a previous work. For the newborn meta-analysis, this was the case for 14.3% of the identified CpGs. Also, of the CpGs identified in the newborn meta-analysis, 14.3% and 28.6%, respectively, were associated with childhood cognitive skills and nonverbal IQ. Of the 109 CpGs associated with maternal vitamin B12, 18.3% were associated with nearby gene expression. In this study, we showed that maternal and newborn vitamin B12 concentrations are associated with DNA methylation at multiple CpGs in offspring blood (<i>P</i><sub>FDR</sub>&lt;0.05). Whether this differential DNA methylation underlies associations of vitamin B12 concentrations with child health outcomes, such as birth weight, gestational age, and childhood cognition, should be further examined in future studies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Méta-analyse · Signal consensuel: Méta-analyse
GenreSignal candidat: Jeu de données · Signal consensuel: Jeu de données
Score de désaccord entre enseignants0,269
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,001
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,137
Tête enseignante GPT0,345
Écart entre enseignants0,207 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeMéta-analyse
Domainenon disponible
GenreJeu de données

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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