Quantitative proteomics reveals that dormancy-related proteins mediate the attenuation in mycobacterium strains
Notice bibliographique
Résumé
Although members of the Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) exhibit high similarity, they are characterized by differences with respect to virulence, immune response, and transmissibility. To understand the virulence of these bacteria and identify potential novel therapeutic targets, we systemically investigated the total cell protein contents of virulent H37Rv, attenuated H37Ra, and avirulent M. bovis BCG vaccine strains at the log and stationary phases, based on tandem mass tag (TMT) quantitative proteomics. Data analysis revealed that we obtained deep-coverage protein identification and high quantification. Although 272 genetic variations were reported in H37Ra and H37Rv, they showed very little expression difference in log and stationary phase. Quantitative comparison revealed H37Ra and H37Rv had significantly dysregulation in log phase (227) compared with stationary phase (61). While BCG and H37Rv, and BCG and H37Ra showed notable differences in stationary phase (1171 and 1124) with respect to log phase (381 and 414). In the log phase, similar patterns of protein abundance were observed between H37Ra and BCG, whereas a more similar expression pattern was observed between H37Rv and H37Ra in the stationary phase. Bioinformatic analysis revealed that the upregulated proteins detected for H37Rv and H37Ra in log phase were virulence-related factors. In both log and stationary phases, the dysregulated proteins detected for BCG, which have also been identified as M. tuberculosis response proteins under dormancy conditions. We accordingly describe the proteomic profiles of H37Rv, H37Ra, and BCG, which we believe will potentially provide a better understanding of H37Rv pathogenesis, H37Ra attenuation, and BCG immuno protection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».