Additional file 2 of Decoding the RNA viromes in rodent lungs provides new insight into the origin and evolutionary patterns of rodent-borne pathogens in Mainland Southeast Asia
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1. Table S1. Samples of the 30 animal species used in this study and the countries (provinces) and dates of collection. Table S2. Overview of virus-associated reads. Table S3. Overview of sequence reads from mammal related viral families and unclassified RNA viruses. Table S4. Origin and accession number of viruses identified in this study. Table S5. Nucleotide sequence identity of novel rodent hantaviruses and known hantaviruses within the L, M, and S segment. Table S6. Nucleotide sequence identity of novel rodent PhleVs and known PhleVs within the L open reading frame. Table S7. Nucleotide sequence identity of novel rodent arenaviruses and known arenaviruses (AreV) in the L-, G- and N-encoding regions. Table S8. Nucleotide sequence identity of novel rodent rhabdoviruses and known rhabdoviruses (RhaV) in the L protein-encoding regions. Table S9. Nucleotide sequence identity of novel rodent paramyxoviruses and known paramyxoviruses (ParaV) in the L protein-encoding regions. Table S10. Nucleotide sequence identity of novel rodent and known hepaci-, pegi- and pestviruses. Table S11. ORF1b nucleotide sequence identity of novel rodent and known arteriviruses. Table S12. Nucleotide sequence identity of novel rodent and known coronaviruses (CoVs) in the RdRP-encoding region. Table S13. Nucleotide sequence identity of novel rodent and known hepeviruses (HEVs) in the ORF1 region. Table S14. Nucleotide sequence identity of novel rodent and known picornaviruses (PicoVs) in the RdRP-encoding region. Table S15. Nucleotide sequence identity of novel rodent and known astroviruses (AstroVs) in the RdRP-encoding region. Table S16. Nucleotide sequence identity of novel rodent unclassified RNA viruses and known viruses in the RdRP-encoding region.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,017 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,799 | 0,162 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».