Additional file 1 of Genome-centric metagenomics reveals the host-driven dynamics and ecological role of CPR bacteria in an activated sludge system
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Table S1. Summary of 43 CPR markers used by CheckM for genome quality estimation. Table S2. Summary of the studied CPR MAGs in the present study. Table S3. Pairwise ANI analysis of all studied CPR MAGs in the present study. Table S4. Relative abundance of CPR bacteria in Shatin activated sludge samples. Table S5. Estimated completeness (%) of KEGG modules in the recovered CPR MAGs from Shatin activated sludge. Table S6. The relative abundances of the newly recovered bacterial MAGs in penicillin treated activated sludge metagenome. Table S7. Summary of public CPR bacteria used for pangenomic analysis. Table S8. Carbohydrate-active enzymes frequency in CPR bacteria recovered from activated sludge metagenomes of Shatin WWTP. Table S9. Summary of potential lacterial gene transfer events between CPR bacteria and other prokaryotic organisms (non-CPR bacteria and archaea) in Shatin WWTP. Table S10. Eggnog annotation results of the ORFs on putative horizontal transferred DNA fragments between CPR bacteria and prokaryotic organisms in Shatin WWTP. Table S11. Summary of potential horizontal gene transfer events between CPR bacteria and phages in Shatin WWTP. Table S12. Eggnog annotation results of the ORFs on putative horizontal transferred DNA fragments between CPR bacteria and phages in Shatin WWTP.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,013 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,733 | 0,128 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».