A reference genome for Bluegill Sunfish (Centrarchidae: Lepomis macrochirus)
Notice bibliographique
Résumé
North American sunfishes (Family Centrarchidae) are among the most popular sportfish throughout the United States and Canada. Despite the popularity of sunfishes, their ecological importance, and their extensive stocking and aquacultural history, few molecular studies have examined the evolutionary relationships and species limits among members of this group, many of which are known to hybridize. Here, we describe a chromosome-scale, genome assembly representing Bluegill Sunfish (<em>Lepomis macrochirus</em>), one of the most widespread centrarchid species. By combining long-read, Oxford Nanopore sequencing data with short-insert, whole genome and HiC sequence reads, we produced an assembly (Lm_LA_1.0) having a total length of 889 MBP including 1,841 scaffolds and having a scaffold N50 of 36 MBP, L50 of 12, N90 of 29 MBP, and L90 of 22. BUSCO analyses indicated that Lm_LA_1.0 was relatively complete with 99% (eukaryota_odb10) and 98% (actinopterygii_odb10) BUSCOs detected, and <em>ab initio</em>gene prediction performed using this new assembly identified a set of 15,873 genes that were supported by external data. This new assembly provides an important addition to the growing set of assemblies already available for spiny-rayed fishes (Acanthomorpha), and it will serve as a resource for future studies that focus on the complex evolutionary history of centrarchids.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,013 | 0,014 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».