Phylogeny of Canadian ergot fungi and a detection assay by real-time polymerase chain reaction
Notice bibliographique
Résumé
The ergot disease of cereals has become increasingly important in agricultural areas of Canada since 1999. Generally, this disease is considered to be caused by <i>Claviceps purpurea</i>, but the taxonomy of <i>Claviceps</i> from these areas has not been well studied. The objectives of this study were (i) to determine the phylogenetic lineages (phylogenetic species) present in agricultural areas of Canada and (ii) to develop a molecular assay that can separate the lineages on crops from other lineages. Genetic diversity of <i>Claviceps</i> collected from agriculture areas in Canada were investigated using multilocus sequence typing. The loci sequenced include nuc rDNA internal transcribed spacer (ITS1-5.8S-ITS2 = ITS), partial fragments of translation elongation factor 1-α (<i>TEF1</i>), RNA polymerase II second largest subunit (<i>RPB2</i>), β-tubulin (<i>tubB</i>), and two ergot alkaloid synthesis genes (<i>easA, easE</i>). Based on individual locus and concatenated alignments, phylogenetic analyses revealed seven lineages within the premolecular concept of <i>C. purpurea</i>, of which five corresponded with undescribed species (G2b and G4–7). Although lineages G2–7 had narrow host ranges, lineage G1 (= <i>C. purpurea</i> s.s.) had a broad host range that overlapped with other lineages. A molecular diagnostic quantitative polymerase chain reaction (qPCR) assay was developed and validated with 185 samples from a wide range of host plants and geographic origins, including 10 phylogenetic species in <i>C</i>. sect. <i>Claviceps</i>, 8 in <i>C</i>. sect. <i>Pusillae</i>, 1 in <i>C</i>. sect. <i>Citrinae</i>, and 1–2 species from <i>Alternaria, Fusarium</i>, and <i>Penicillium</i>. The assay can detect lineage G1 at a concentration of 7.5 pg/μL and distinguish it from other <i>Claviceps</i> species and lineages. This facilitates disease management by detecting the inocula from nonagriculture host plants.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,038 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».