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Enregistrement W4394466963 · doi:10.6084/m9.figshare.21865782

EdU-Click on a Mock Community

2023· dataset· en· W4394466963 sur OpenAlexaff
Eve Beauchemin, Corinne F. Maurice

Notice bibliographique

RevueFigshare · 2023
Typedataset
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetics, Bioinformatics, and Biomedical Research
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésComputer scienceComputer graphics (images)

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Flow cytometry data on a mock community of bacterial isolates originating from the human body (<em>Escherichia coli </em>K12 (ATCC 25404), <em>Enterococcus faecalis</em> (SF24397), <em>Prevotella intermedia</em> (ATCC 25611), <em>Bacteroides fragilis </em>(32-6-I 11 MRS AN), and <em>Bifidobacterium longum </em>subsp. <em>infantis</em> (ATCC 15697), grown together or separately. The mock community was created by adding OD600 0.05 of the overnight cultures of each isolate to autoclaved reduced Bovine Heart Infusion broth (rBHI). The mock community was incubated for 1 hour, followed by another three hours with (or without) 20 uM 5-ethnyl-2'-deoxyuridine (EdU), a thymidine analogue, to capture the actively replicating cells. <br> The bacterial cells underwent a click reaction with Alexa Fluor 647 azide (APC channel) to make newly replicated bacteria fluoresece. They were also stained with Sybr Green I nucleic acid stain (FITC channel) to capture all bacteria. <br> In the file names: <br> BI =<em> Bifidobacterium longum </em>subsp<em>. infantis</em> <br> BF = <em>Bacteroides fragilis</em> <br> EC =<em> Escherichia coli </em>K12 <br> EF = <em>Enterococcus faecalis</em> <br> PI = <em>Prevotella intermedia</em>

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Jeu de données · Signal consensuel: Jeu de données
Score de désaccord entre enseignants0,031
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0110,042

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,073
Tête enseignante GPT0,341
Écart entre enseignants0,267 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.

Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreJeu de données

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
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