Additional file 1 of Genomic insights into the evolutionary history and diversification of bulb traits in garlic
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Table S1. Basic information for 233 accessions. Table S2. Statistics of variation in 230 garlic accessions from the GBS sequencing. Table S3. Basic information for 84 resequenced accessions. Table S4. Statistics and distribution of SNPs identified from 84 garlic accessions by resequencing. Table S5. Statistics and distribution of small indels identified from 84 garlic accessions by resequencing. Table S6. Divergent genomic regions between CG1 and CG2 (FST > 0.5). Table S7. Genomic region with top 5% θπ ratio. Table S8. Genomic region with top 5% population branch statistic (PBS) values. Table S9. Genomic region with top 5% XP-CLR values. Table S10. Genes located in the sweep region of CG1 and CG2. Table S11. Genes underwent selection in both CG1 and CG2 groups. Table S12. Statistical data for RNA sequencing of bulbs in 81 accessions. Table S13. Statistical analysis for genes associated with bulb traits. Table S14. Statistical data of SNPs in the genic regions of 84 accessions. Table S15. Statistics of overlap ratio for the deleterious mutations between accessions. Table S16. Summary of deleterious mutation burden in 84 accessions. Table S17. Genetic loci associated with clove number in 230 accessions (P < 5.32 ×10−9). Table S18. Differentially expressed genes by comparing the profiling of bulbs whose cloves are before enlargement and under enlarging-growth. Table S19. Differentially expressed genes underwent common selection in CG1 and CG2. Table S20. Primer sequences for constructing the overexpressed vector of Asa6G06199.1.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,014 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,854 | 0,215 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».