Supplementary tables for the manuscript titled "DNA methylation haplotype block signatures responding to S. aureus subclinical mastitis and association with production and health traits".
Notice bibliographique
Résumé
Supplemental Table S1 Detail information on cows selected for whole genome DNA methylation sequencing. Supplemental Table S2 General statistics on whole genome DNA methylation sequencing read statistics Supplemental Table S3 Comparisons of methylation level between cows with S. aureus subclinical mastitis and healthy control cows at a scope of the whole genome, chromosomes and gene features. Supplemental Table S4 List of differentially methylated cytosines in the context of CpG Supplemental Table S5 List of differentially methylated cytosines in the context of CHG and CHH Supplemental Table S6 Distribution of differentially methylated cytosines among chromosomes and genetic features Supplemental Table S7 Count of differentially methylated cytosines (DMCs) in the context of CpG, CHG and CHH in different gene features per gene Supplemental Table S8 Functional enrichment of differentially expressed genes harboring differentially methylated cytosines at different genomic functional regions Supplemental Table S9 Predicted methylation level for LINE-1 and tRNA-derived SINEs and comparisons between cows with S. aureus subclinical mastitis and healthy control cows Supplemental Table S10 Differential methylation haplotype blocks and their colocation with QTLs related to mastitis and immune capacity Supplemental Table S11 Differential genes with significant changes in general methylation level of regulatory regions and gene expression changes Supplemental Table S12 Functional enrichment for differential genes with significant changes in general methylation level of regulatory regions and gene expression changes Supplemental Table S13 Correlation between dMHBs located at regulatory regions and their overlapped differentially expressed genes Supplemental Table S14 Motif enrichment and identification in GE-dMHBs Supplemental Table S15 Functional enrichment for GE-dMHBs (dMHBs overlapped with genes and significantly correlated with the expression of corresponding genes) Supplemental Table S16 Candidate discriminate signatures selected from GE-dMHBs (pro-GE-dMHBs) and their overlapped genes Supplemental Table S17 Information about samples and primers used for TBAS and results of seven GE-dMHBs analyzed in 200 cows
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,022 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,726 | 0,213 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».