GENOMIC DIVERSITY GRADIENTS AND FUNCTIONAL DIFFERENTIATION PUT NORTHEAST PACIFIC RIBBON KELP LINEAGES IN THE SPECIATION GREY ZONE
Notice bibliographique
Résumé
The transition from reproductively isolated populations to species is not well understood. Genotyping entire genomes holds promise to enhance insights into the process of speciation and the evolutionary relationships among related taxa. Gulf of Alaska ribbon kelp was once recognized as four species before they were folded into Alaria marginata on the basis of DNA barcode markers, though several lineages have continued to be recognized. Here, we used whole genome sequencing datasets to test the hypothesis that these lineages represent incipient species. Whole genomes of 69 individuals from five genetically distinctive lineages in the Gulf of Alaska (USA) and Salish Sea (Canada) were analyzed, along with 63 genomes from three other species of Alaria. Our analysis of >3.4 million Single Nucleotide Polymorphisms reaffirm that organellar and nuclear phylogenetic signals are incongruent in Alaria, producing different topologies among five organellar and six nuclear A. marginata lineages. Lineages also display reproductive isolation, evidenced by a lack of recent admixture across genomes. Genetic distances between A. marginata lineages exceed levels expected of population level divergence, but fall short of distances between species of Alaria. Moreover, we provide evidence of functional genomic differences between the A. marginata lineages, exceeding differences expected between populations, but falling short of larger differences among species. Our results place A. marginata lineages in an evolutionary grey zone, where lineages display substantial differentiation, but not to the level expected of Alaria species. This information shifts taxonomic conversations towards a genome-scale framework that provides a more comprehensive picture of divergence, connectivity, and functional innovation for defining lineages. The datasets presented here pertain to values of exon coverage for the various species of Alaria and lineages of A. marginata. These include gene name/product, uniprot IDs, and GO terms. Tables are for Alaria esculenta populations, Alaria species, and A. marginata lineages.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».