MetaboAnalyst 6.0: towards a unified platform for metabolomics data processing, analysis and interpretation

2024· article· en· 1 961 citations· W4394578957 sur OpenAlex· 10.1093/nar/gkae253

Pourquoi ce travail est-il dans la base ?

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

Affiliation canadienneUne personne signataire a déclaré un établissement canadien. C'est la seule voie dont dispose la base habituelle.

Organisme subventionnaire canadienUn organisme canadien l'a financé. Le travail peut ne porter aucune affiliation canadienne.

Scores machine (provisoires)

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Tête enseignante Opus0,070

Tête enseignante GPT0,388

Écart entre enseignants: 0,317 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation: score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Résumé

We introduce MetaboAnalyst version 6.0 as a unified platform for processing, analyzing, and interpreting data from targeted as well as untargeted metabolomics studies using liquid chromatography - mass spectrometry (LC-MS). The two main objectives in developing version 6.0 are to support tandem MS (MS2) data processing and annotation, as well as to support the analysis of data from exposomics studies and related experiments. Key features of MetaboAnalyst 6.0 include: (i) a significantly enhanced Spectra Processing module with support for MS2 data and the asari algorithm; (ii) a MS2 Peak Annotation module based on comprehensive MS2 reference databases with fragment-level annotation; (iii) a new Statistical Analysis module dedicated for handling complex study design with multiple factors or phenotypic descriptors; (iv) a Causal Analysis module for estimating metabolite - phenotype causal relations based on two-sample Mendelian randomization, and (v) a Dose-Response Analysis module for benchmark dose calculations. In addition, we have also improved MetaboAnalyst's visualization functions, updated its compound database and metabolite sets, and significantly expanded its pathway analysis support to around 130 species. MetaboAnalyst 6.0 is freely available at https://www.metaboanalyst.ca.

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La notice

Revue: Nucleic Acids Research
Thématique: Metabolomics and Mass Spectrometry Studies
Domaine: Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
Établissements canadiens: University of AlbertaMcGill University
Organismes subventionnaires: JDRFNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaGenome CanadaCanadian Institutes of Health ResearchNational Cancer InstituteDiabetes CanadaNational Institutes of HealthCummings Foundation
Mots-clés: AnnotationComputer scienceBenchmark (surveying)VisualizationData processingData miningComputational biologyBiologyDatabaseArtificial intelligence
Résumé présent dans OpenAlex: oui
API: /api/v1/works/W4394578957