Comparative analysis of the diversity of trinucleotide repeats in bacterial genomes
Notice bibliographique
Résumé
The human gut is the most favorable niche for microbial populations, and few studies have explored the possibilities of horizontal gene transfer between host and pathogen. Trinucleotide repeat (TNR) expansion in humans can cause more than 40 neurodegenerative diseases. Further, TNRs are a type of microsatellite that resides on coding regions can contribute to the synthesis of homopolymeric amino acids. Hence, the present study aims to estimate the occurrence and diversity of TNRs in bacterial genomes available in the NCBI Genome database. Genome-wide analyses revealed that several bacterial genomes contain different types of uninterrupted TNRs. It was found that TNRs are abundant in the genomes of Alcaligenes faecalis, Mycoplasma gallisepticum, Mycoplasma genitalium, Sorangium cellulosum, and Thermus thermophilus. Interestingly, the genome of Bacillus thuringiensis strain YBT-1518 contained 169 uninterrupted ATT repeats. The genome of Leclercia adecarboxylata had 46 uninterrupted CAG repeats, which potentially translate into polyglutamine. In some instances, the TNRs were present in genes that potentially encode essential functions. Similar occurrences in human genes are known to cause genetic disorders. Further analysis of the occurrence of TNRs in bacterial genomes is likely to provide a better understanding of mismatch repair, genetic disorders, host-pathogen interaction, and homopolymeric amino acids.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».