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Enregistrement W4394750138 · doi:10.3389/fnins.2024.1237245

CiftiStorm pipeline: facilitating reproducible EEG/MEG source connectomics

2024· article· en· W4394750138 sur OpenAlexaff
Ariosky Areces-González, Deirel Paz-Linares, Usama Riaz, Ying Wang, Min Li, Fuleah A. Razzaq, Jorge Bosch‐Bayard, Eduardo Gonzalez-Moreira, Marlis Ontivero-Ortega, Lídice Galán‐Garcia, Eduardo Martínez‐Montes, Ludovico Minati, Mitchell Valdés-Sosa, María L. Bringas-Vega, Pedro A. Valdés‐Sosa

Notice bibliographique

RevueFrontiers in Neuroscience · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueFunctional Brain Connectivity Studies
Établissements canadiensMcGill UniversityMontreal Neurological Institute and Hospital
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésComputer sciencePipeline (software)ConnectomicsMagnetoencephalographyElectroencephalographyHuman Connectome ProjectPrior probabilityArtificial intelligenceConnectomePattern recognition (psychology)Bayesian probabilityFunctional connectivityNeuroscience

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We present CiftiStorm, an electrophysiological source imaging (ESI) pipeline incorporating recently developed methods to improve forward and inverse solutions. The CiftiStorm pipeline produces Human Connectome Project (HCP) and megconnectome-compliant outputs from dataset inputs with varying degrees of spatial resolution. The input data can range from low-sensor-density electroencephalogram (EEG) or magnetoencephalogram (MEG) recordings without structural magnetic resonance imaging (sMRI) to high-density EEG/MEG recordings with an HCP multimodal sMRI compliant protocol. CiftiStorm introduces a numerical quality control of the lead field and geometrical corrections to the head and source models for forward modeling. For the inverse modeling, we present a Bayesian estimation of the cross-spectrum of sources based on multiple priors. We facilitate ESI in the T1w/FSAverage32k high-resolution space obtained from individual sMRI. We validate this feature by comparing CiftiStorm outputs for EEG and MRI data from the Cuban Human Brain Mapping Project (CHBMP) acquired with technologies a decade before the HCP MEG and MRI standardized dataset.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,012
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: Reproductibilité · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Logiciel · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,998
Score d'incertitude au seuil0,135

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,012
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0030,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,002
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0030,002
Science ouverte0,0030,004
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0400,020

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,033
Tête enseignante GPT0,269
Écart entre enseignants0,236 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeSimulation ou modélisation
DomaineReproductibilité
GenreLogiciel

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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