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Enregistrement W4394785986 · doi:10.1093/nar/gkae260

Quantifying the activity profile of ASO and siRNA conjugates in glioblastoma xenograft tumors <i>in vivo</i>

2024· article· en· W4394785986 sur OpenAlexaff
Samantha L. Sarli, Hassan H. Fakih, Karen Kelly, Gitali Devi, Julia M Rembetsy-Brown, Holly R McEachern, Chantal Ferguson, Dimas Echeverria, Jonathan Lee, Jacquelyn Sousa, Hanadi F. Sleiman, Anastasia Khvorova, Jonathan K. Watts

Notice bibliographique

RevueNucleic Acids Research · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAdvanced biosensing and bioanalysis techniques
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Institute of General Medical SciencesNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthAmerican Cancer Society
Mots-clésGene silencingOligonucleotideBiologySmall interfering RNAU87In vivoRNA interferenceCancer researchNucleic acidBiochemistryGlioblastomaTransfectionGeneRNAGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Glioblastoma multiforme is a universally lethal brain tumor that largely resists current surgical and drug interventions. Despite important advancements in understanding GBM biology, the invasiveness and heterogeneity of these tumors has made it challenging to develop effective therapies. Therapeutic oligonucleotides-antisense oligonucleotides and small-interfering RNAs-are chemically modified nucleic acids that can silence gene expression in the brain. However, activity of these oligonucleotides in brain tumors remains inadequately characterized. In this study, we developed a quantitative method to differentiate oligonucleotide-induced gene silencing in orthotopic GBM xenografts from gene silencing in normal brain tissue, and used this method to test the differential silencing activity of a chemically diverse panel of oligonucleotides. We show that oligonucleotides chemically optimized for pharmacological activity in normal brain tissue do not show consistent activity in GBM xenografts. We then survey multiple advanced oligonucleotide chemistries for their activity in GBM xenografts. Attaching lipid conjugates to oligonucleotides improves silencing in GBM cells across several different lipid classes. Highly hydrophobic lipid conjugates cholesterol and docosanoic acid enhance silencing but at the cost of higher neurotoxicity. Moderately hydrophobic, unsaturated fatty acid and amphiphilic lipid conjugates still improve activity without compromising safety. These oligonucleotide conjugates show promise for treating glioblastoma.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,032
Tête enseignante GPT0,358
Écart entre enseignants0,325 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations18
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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