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Enregistrement W4394959853 · doi:10.1101/2024.04.17.589858

Genome-Wide CRISPR-Cas9 Screening Identifies a Synergy between Hypomethylating Agents and SUMOylation Blockade in MDS/AML

2024· preprint· en· W4394959853 sur OpenAlexfundno aff
Peter Truong, Sylvie Shen, Swapna Joshi, Md Imtiazul Islam, L. Zhong, Mark J. Raftery, Ali Afrasiabi, Hamid Alinejad‐Rokny, Mary Nguyen, Xiaoheng Zou, Golam Sarower Bhuyan, Chowdhury H. Sarowar, Elaheh Sadat Ghodousi, Olivia Stonehouse, Sara Mohamed, Cara E. Toscan, Patrick Connerty, Purvi M. Kakadia, Stefan K. Bohlander, Katharine A. Michie, Jonas Larsson, Richard B. Lock, Carl R. Walkley, Julie A.I. Thoms, Christopher J. Jolly, John E. Pimanda

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEpigenetics and DNA Methylation
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesCancer Council NSWNational Health and Medical Research CouncilMedical Research CouncilNational Imaging FacilityTranslational Cancer Research NetworkUniversity of TorontoAnthony Rothe Memorial TrustPeter MacCallum Cancer CentreUniversity of New South WalesCancer Institute NSWAnalytical Center for the Government of the Russian FederationFred Hutchinson Cancer Research CenterAustralian Cancer Research FoundationAustralian Government
Mots-clésCRISPRSUMO proteinBlockadeComputational biologyHypomethylating agentAzacitidineGenomeBiologyGeneticsGeneDNA methylation

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Hypomethylating agents (HMAs) are frontline therapies effective at altering the natural course of Myelodysplastic Neoplasms (MDS) and Acute Myeloid Leukemia (AML). However, acquired resistance and treatment failure are hallmarks of HMA therapy. To address this clinical need, we performed a genome-wide CRISPR-Cas9 screen in a human MDS-derived cell line, MDS-L, and identified TOPORS as a highly ranked loss-of-function target that synergizes with HMAs, reducing leukemic burden and improving survival in xenograft models. We demonstrate that the depletion of TOPORS mediates sensitivity to HMAs by predisposing leukemic blasts to an impaired DNA damage response (DDR) accompanied by an accumulation of SUMOylated DNMT1 in HMA-treated TOPORS-depleted cells. Importantly, the combination of HMAs with targeting of TOPORS did not functionally impair healthy hematopoiesis. While inhibitors of TOPORS are currently unavailable, we show that inhibition of protein SUMOylation (upstream of TOPORS functions) with TAK-981 partially phenocopies HMA-sensitivity and DDR impairment. Overall, our data suggest that the combination of HMAs with the inhibition of SUMOylation or TOPORS demonstrates a favourable therapeutic index and is a rational treatment framework for High-Risk MDS (HR-MDS) or AML.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,252
Écart entre enseignants0,233 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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