A genome wide association study to identify germline copy number variants associated with cancer cachexia: a preliminary analysis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Cancer cachexia is characterized by severe loss of muscle and fat involving a complex interplay of host–tumour interactions. While much emphasis has been placed on understanding the molecular mechanisms associated with cachexia, understanding the heritable component of cachexia remains less explored. The current study aims to identify copy number variants (CNV) as genetic susceptibility determinants for weight loss in patients with cancer cachexia using genome wide association study (GWAS) approach. Methods A total of 174 age‐matched patients with oesophagogastric or lung cancer were classified as weight losing (>10% weight loss) or weight stable participants (<2% weight loss). DNA was genotyped using Affymetrix SNP 6.0 arrays to profile CNVs. We tested CNVs with >5% frequency in the population for association with weight loss. Pathway analysis was performed using the genes embedded within CNVs. To understand if the CNVs in the present study are also expressed in skeletal muscle of patients with cachexia, we utilized two publicly available human gene expression datasets to infer the relevance of identified genes in the context of cachexia. Results Among the associated CNVs, 5414 CNVs had embedded protein coding genes. Of these, 1583 CNVs were present at >5% frequency. We combined multiple contiguous CNVs within the same genomic region and called them Copy Number Variable Region (CNVR). This led to identifying 896 non‐redundant CNV/CNVRs, which encompassed 803 protein coding genes. Genes embedded within CNVs were enriched for several pathways implicated in cachexia and muscle wasting including JAK–STAT signalling, Oncostatin M signalling, Wnt signalling and PI3K‐Akt signalling. This is the first proof of principle GWAS study to identify CNVs as genetic determinants for cancer cachexia. Further, we show that a subset of CNV/CNVR embedded genes identified in the current study are common with the previously published skeletal muscle gene expression datasets, indicating that expression of CNV/CNVR genes in muscle may have functional consequences in patients with cachexia. These genes include CPT1B, SPON1, LOXL1, NFAT5, RBFOX1, and PCSK6 to name a few. Conclusions This is the first proof of principle GWAS study to identify CNVs as genetic determinants for cancer cachexia. The data generated will aid in future replication studies in larger cohorts to account for genetic susceptibility to weight loss in patients with cancer cachexia.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».