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Enregistrement W4395053585 · doi:10.1016/j.fufo.2024.100354

Pharmacoinformatics and cellular studies of algal peptides as functional molecules to modulate type-2 diabetes markers

2024· article· en· W4395053585 sur OpenAlexaff
Rudy Kurniawan, Nurpudji Astuti Taslim, Hardinsyah Hardinsyah, Andi Yasmin Syauki, Irfan Idris, Andi Makbul Aman, Happy Kurnia Permatasari, Elvan Wiyarta, Reggie Surya, Nelly Mayulu, Purnawan Pontana Putra, Raymond R. Tjandrawinata, Trina Ekawati Tallei, Bonglee Kim, Apollinaire Tsopmo, Fahrul Nurkolis

Notice bibliographique

RevueFuture Foods · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueProtein Hydrolysis and Bioactive Peptides
Établissements canadiensCarleton University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésType 2 diabetesIn silicoBiologyIn vitroComputational biologyInsulinDiabetes mellitusBiochemistryPharmacologyEndocrinologyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Novel dietary strategies are urgently needed to address the limitations of current management and treatment options of Type-2 Diabetes (T2D). Marine algae-derived peptides (MAP) represent a promising avenue, although, their potential remains mostly underexplored. This study employs pharmacoinformatics and in vitro methods to evaluate the antidiabetic properties of MAP and provide new insights their mechanisms to mitigate the prevalence of T2D. Through a systematic search and predictive modeling, peptides were identified and assessed for bioactivity, toxicity, and drug-likeness. Furthermore, molecular docking simulations with protein targets related to T2D identified binding sites that be used to optimize the activity of MAP. The structure-activity relationship profile of MAP reveals 13 candidates with probable activity (Pa) scores >0.4, indicative of insulin promoter. The peptide FDGIP (P13;Phe-Asp-Gly-Ile-Pro) from Caulerpa lentillifera had the best in silico assessment value compared to 50 other peptides and its activity was confirmed by in vitro data (e.g.EC50 60.4 and 57.9 for α-amylase and α-glucosidase inhibitions). Interestingly, in 3T3-L1 cells, P13 exhibited inhibitory activities against transcription factors and hormones (MAPK8-JNK1/PPARGC1A/Ghrelin/GLP-1/CPT-1) that can regulate blood sugar and decrease as anti-diabetes. P13 then appears to be a peptide with antidiabetic action that may be used in the formulation foods to manage T2D.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,269
Écart entre enseignants0,257 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations13
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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