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Enregistrement W4395464617 · doi:10.46471/gigabyte.122

Chromosomal-level genome assembly of golden birdwing Troides aeacus (Felder & Felder, 1860)

2024· article· en· W4395464617 sur OpenAlexaff
Jerome H. L. Hui, Ting‐Fung Chan, Leo Lai Chan, Siu Gin Cheung, Chi Chiu Cheang, James Kar‐Hei Fang, Juan Diego Gaitán‐Espitía, Stanley C. K. Lau, Yik‐Hei Sung, Chris K.C. Wong, Kevin Y. Yip, Yingying Wei, Wai Lok So, Wenyan Nong, Hydrogen Sui Fai Pun, Wing Kwong Yau, Colleen Yuk Lin Chiu, Sammi Shan Shan Chan, Kacy Ka Ling Man, Ho Yin Yip

Notice bibliographique

RevueGigabyte · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueLepidoptera: Biology and Taxonomy
Établissements canadiensHealth PEI
Organismes subventionnairesChinese University of Hong Kong
Mots-clésGenomeContigBiologySequence assemblyGenome sizeProteomeGeneticsGeneNanopore sequencingReference genomeComputational biologyEvolutionary biology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The golden birdwing Troides aeacus (Lepidoptera, Papilionidae), a significant species in Asia, faces habitat loss due to urbanization and human activities, necessitating its protection. However, the lack of genomic resources hinders our understanding of their biology and diversity, and impedes our conservation efforts based on genetic information or markers. Here, we present the first chromosomal-level genome assembly of T. aeacus using PacBio SMRT and Omni-C scaffolding technologies. The assembled genome (351 Mb) contains 98.94% of the sequences anchored to 30 pseudo-molecules. The genome assembly has high sequence continuity with contig length N50 = 11.67 Mb and L50 = 14, and scaffold length N50 = 12.2 Mb and L50 = 13. A total of 24,946 protein-coding genes were predicted, with high BUSCO score completeness (98.8% and 94.7% of genome and proteome BUSCO, respectively. This genome offers a significant resource for understanding the swallowtail butterfly biology and carrying out its conservation.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,786
Score d'incertitude au seuil0,909

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,029
Tête enseignante GPT0,263
Écart entre enseignants0,234 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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