Amodiaquine Nonspecifically Binds Double Stranded and Three‐Way Junction DNA Structures
Notice bibliographique
Résumé
The 4-aminoquinoline class of compounds includes the important antimalarial compounds amodiaquine and chloroquine. Despite their medicinal importance, the mode of action of these compounds is poorly understood. In a previous study we observed these compounds, as well as quinine and mefloquine, tightly bind the DNA cocaine-binding aptamer. Here, we further explore the range of nucleic acid structures bound by these compounds. To gauge a wide range of binding affinities, we used isothermal titration calorimetry to explore high affinity binding (nM to tens of μM) and NMR spectroscopy to assay weak binding biding in the hundreds of micromolar range. We find that amodiaquine tightly binds all double stranded DNA structures explored. Mefloquine binds double stranded DNA duplex molecules tightly and weakly associates with a three-way junction DNA construct. Quinine and chloroquine only weakly bind duplex DNA but do not tightly bind any of the DNA constructs explored. A simulation of the free energy of binding of these ligands to the Dickerson-Drew dodecamer resulted in an excellent agreement between the simulated and experimental free energy. These results provide new insight into the DNA binding of clinically important antimalarial compounds and may play a role in future development of new antimalarials.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».