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Enregistrement W4395689028 · doi:10.1038/s41431-024-01610-1

Expanded phenotypic spectrum of neurodevelopmental and neurodegenerative disorder Bryant-Li-Bhoj syndrome with 38 additional individuals

2024· article· en· W4395689028 sur OpenAlexaff
Dana E. Layo-Carris, Emily E. Lubin, Annabel K. Sangree, Kelly James Clark, Emily L. Durham, Elizabeth M. Gonzalez, Sarina Smith, Rajesh Angireddy, Xiao Min Wang, Erin Weiss, Annick Toutain, Roberto Mendoza‐Londono, Lucie Dupuis, Nadirah Damseh, Danita Velasco, Irene Valenzuela, Marta Codina‐Solà, Catherine A. Ziats, Jaclyn Have, Katie Clarkson, Dora Steel, Manju A. Kurian, Katy Barwick, Diana Carrasco, Aditi I Dagli, Małgorzata J.M. Nowaczyk, Miroslava Hančárová, Šárka Bendová, Darina Prchalová, Zdeněk Sedláček, A Baxová, C. Nowak, Jessica Douglas, Wendy K. Chung, Nicola Longo, Konrad Platzer, Chiara Klöckner, Luisa Averdunk, Dagmar Wieczorek, Ilona Krey, Christiane Zweier, André Reis, Tuğçe B. Balcı, Marleen Simon, Hester Y. Kroes, Antje Wiesener, Georgia Vasileiou, Nikolaos M. Marinakis, Danai Veltra, Christalena Sofocleous, Konstantina Kosma, Joanne Traeger‐Synodinos, Konstantinos Voudris, Marie‐Laure Vuillaume, Paul Guéguen, Nicolas Derive, Estelle Colin, Clarisse Battault, Billie Au, Martin B. Delatycki, Mathew Wallis, Lyndon Gallacher, Fatma Majdoub, Noor Smal, Sarah Weckhuysen, An‐Sofie Schoonjans, R. Frank Kooy, Marije Meuwissen, Ben Cocanougher, Kathryn R. Taylor, Carolyn Pizoli, Marie T. McDonald, Philip James, Elizabeth Roeder, Rebecca O. Littlejohn, Nicholas A. Borja, Willa Thorson, Kristine M. King, Radka Stoeva, Manon Suerink, Esther Nibbeling, Stephanie Baskin, Gwenaël Le Guyader, Julie Kaplan, Candace Muss, Deanna Alexis Carere, Elizabeth Bhoj, Laura Bryant

Notice bibliographique

RevueEuropean Journal of Human Genetics · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Rare Diseases
Établissements canadiensUniversity of CalgaryHospital for Sick ChildrenMcMaster University Medical CentreWestern UniversitySickKids FoundationUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentNational Institute of General Medical SciencesNational Institute on AgingNational Human Genome Research InstituteU.S. Department of Health and Human Services
Mots-clésPhenotypeNeurodevelopmental disorderMedicineGeneticsAutism spectrum disorderBiologyPsychiatryGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Bryant-Li-Bhoj syndrome (BLBS), which became OMIM-classified in 2022 (OMIM: 619720, 619721), is caused by germline variants in the two genes that encode histone H3.3 (H3-3A/H3F3A and H3-3B/H3F3B) [1-4]. This syndrome is characterized by developmental delay/intellectual disability, craniofacial anomalies, hyper/hypotonia, and abnormal neuroimaging [1, 5]. BLBS was initially categorized as a progressive neurodegenerative syndrome caused by de novo heterozygous variants in either H3-3A or H3-3B [1-4]. Here, we analyze the data of the 58 previously published individuals along 38 unpublished, unrelated individuals. In this larger cohort of 96 people, we identify causative missense, synonymous, and stop-loss variants. We also expand upon the phenotypic characterization by elaborating on the neurodevelopmental component of BLBS. Notably, phenotypic heterogeneity was present even amongst individuals harboring the same variant. To explore the complex phenotypic variation in this expanded cohort, the relationships between syndromic phenotypes with three variables of interest were interrogated: sex, gene containing the causative variant, and variant location in the H3.3 protein. While specific genotype-phenotype correlations have not been conclusively delineated, the results presented here suggest that the location of the variants within the H3.3 protein and the affected gene (H3-3A or H3-3B) contribute more to the severity of distinct phenotypes than sex. Since these variables do not account for all BLBS phenotypic variability, these findings suggest that additional factors may play a role in modifying the phenotypes of affected individuals. Histones are poised at the interface of genetics and epigenetics, highlighting the potential role for gene-environment interactions and the importance of future research.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,802
Score d'incertitude au seuil0,592

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,214
Écart entre enseignants0,207 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations8
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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