An AI-informed NMR structure reveals a LETM1 F-EF-hand for two-way mitochondrial calcium regulation.
Notice bibliographique
Résumé
AlphaFold2 can accurately predict high-resolution protein structure from sequence but does not account for solvent conditions, ligands, post-translational modifications, lowly populated states or rare folds. Human leucine zipper EF-hand transmembrane protein-1 (LETM1) has one sequence-identifiable EF-hand but whether and how calcium (Ca2+) binding affects structure and function remains enigmatic. Here, we developed an approach that used highly confident AlphaFold2 Calpha positions to guide nuclear Overhauser effect (NOE) assignments and structure calculation of the LETM1 EF-hand in the presence of Ca2+. The resultant NMR structure exposes pairing between a partial loop-helix and full helix-loop-helix, forming an unprecedented F-EF-hand domain with non-canonical Ca2+ coordination but enhanced hydrophobicity for protein interactions compared to calmodulin. The structure also reveals the basis for pH sensing by His662, linking the canonical and partial EF-hands. Functionally, mutations that augmented or weakened Ca2+ binding led to increased and decreased matrix Ca2+ levels, respectively, establishing F-EF as a two-way mitochondrial Ca2+ potentiator. Collectively, we show how AlphaFold2 can be synergized with NMR data to produce solution-specific structures, revealing here an extraordinary LETM1 F-EF-hand sensor.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».