Effects of conformational changes in the N-terminal domain of RfaH on domain dissociation and fold switching
Notice bibliographique
Résumé
RfaH is a two-domain metamorphic protein involved in transcription regulation and translation initiation. To carry out dual functions, RfaH relies on two coupled structural changes: domain dissociation and fold switching. In the free state, the C-terminal domain (CTD) of RfaH adopts an all- α fold and is tightly associated with the N-terminal domain (NTD). Upon binding to RNA polymerase (RNAP), the domains dissociate and the CTD completely transforms into an all- β fold, while the NTD remains largely, but not entirely, unchanged. We test the idea that a change in the conformation of an extended β -hairpin ( β 3- β 4) located on the NTD, helps trigger domain dissociation. To this end, we use homology modelling to construct a structure, H 1 , which is similar to free RfaH but with a remodeled β 3- β 4 hairpin. We then use an all-atom physics-based model enhanced with a dual-basin structure-based potential to simulate domain separation driven by thermal unfolding of the CTD with NTD in a fixed, folded conformation. We apply our model to both free RfaH and H 1 . For H 1 we find, in line with our hypothesis, that the CTD exhibits a lower stability and the domains dissociate at a lower temperature ( T ), as compared to free RfaH. We do not, however, observe complete refolding to the all- β state in these simulations, suggesting that a change in β 3- β 4 orientation aid in, but is not sufficient for, domain dissociation. In addition, we study the reverse fold switch in which RfaH returns from a domain-open all- β state to its domain-closed all- α state. We observe a T -dependent transition rate; fold switching is slow at low T , where the CTD tend to be kinetically trapped in its all- β state, and at high- T , where the all- α state becomes unstable. Consequently, our simulations suggest an optimal T at which fold switching is most rapid. At this T , the stabilities of both folds are reduced. Overall, our study suggests that both inter-domain interactions and conformational changes within NTD may be important for proper functioning of RfaH.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».